第二日清晨，奢崇明的行踪终于被发现。
他藏身于距重庆府不远的一座庄园，身边只剩数百残兵，不久前还在那里休整。
奢崇明原本计划退回重庆，重整旗鼓，招集溃散的部队。
然而未曾料到，重庆已然落入敌手。他只好沿长江逆流而上，企图返回泸州。
尚未完成渡江船只的准备，江岸边便已遍布明军旌旗。奢崇明目睹此景，双目赤红，狂怒大吼，声称要将敌军尽数杀尽。
这不过是他一厢情愿的妄想。
官军一次冲锋，便击溃了这群饥饿疲惫、体力不支的残兵。
这些残部本就无意继续死战，稍有见识之人都明白，大势已去。
与其做无谓挣扎，不如归降，或许还能保住性命。
奢崇明虽有反叛的胆量，却无赴死的勇气。认清现实之后，他只能愤懑地丢下武器，任由官兵将他捆绑押解，送至“皇帝”处献俘。
至此，数日前尚能震动川蜀、声势浩大的“大梁王”奢崇明，在明军的围剿之下迅速败亡，本人被俘，数万大军全军覆没。
此役，明军共斩敌首级两万余，俘虏三万余人，成功擒获叛军首脑奢崇明，取得全面胜利。
朱由校收到捷报后，神情淡然，仅下令御营返回重庆，并命秦邦屏与秦良玉率领部属，深入山林清剿残余叛军及潜藏深山的土匪。
对奢崇明，朱由校并未放在心上。在他看来，此人不过示威不足道的小人物。史书之中，奢崇明不过是趁着地方无备时，侥幸取胜几次，其余皆为败绩。
纵然朱由校轻视其人，但作为叛乱首恶，奢崇明终究难逃一死。
朱由校下令将其押送回重庆，依照大明律例，处以凌迟极刑，诛灭九族，首级悬挂城头示众，并号召重庆百姓前来观斩。
处理完叛乱余波后，朱由校亲自统率大军，与陈广会师，水陆并进，向泸州进军。
泸州的奢寅，败得比其父奢崇明更迅速。在他尚未逃亡之前，明军已然攻克泸州。
朱燮元与王平采用“声东击西”之策，在不同地点同时渡江，成功迷惑一向精明的奢寅。
奢寅与其父遭遇相同，在战局白热化之际，遭官军夹击，仓皇溃逃。
他原本兵力不过五千余人，此战折损过半，根本无力抗衡官军。
撤退至永宁途中，又遭遇一支身份不明的官军伏击，伤亡惨重，只得逃入深山密林，寻求一线生机。
虽然奢寅兵败情形与其父极为相似，但命运却比其父更显顽强。他并未被明军捕获，而是真正逃出生天。
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