袁崇焕对毛文龙的部下嘘寒问暖，甚至行礼；这些士卒都对袁崇焕泪流满面，毛文龙为了要挟朝廷，将辽东为了躲避后金屠杀的百姓全部留到皮岛，毛文龙也不将他们安置回内陆，就想着靠这些百姓骗给养军饷。
依靠着朝廷拨款输粮还有走私过活大部分人生活条件极差，其实也能想到皮岛就那么大点还不能种地全靠辽东海运还有在朝鲜买粮无论如何也不够二十多万人吃。
安抚完毛部士卒后，袁崇焕质问毛文龙：“东江军饷从宁远转运很方便，岛上人口很多应该多要粮食的，你为何非要索取现银，到登州、莱州再行采购？而且移防、整编军队、划分旅顺防区、核查军饷等事，已上奏朝廷；朝廷已准许我的奏疏，你为何违抗命令是想要背叛大明吗？
你的罪名都不止贪污军饷还有与后金走私了，而是“欺君罔上骄横跋扈”！
随即下令自己亲兵逮捕毛文龙。毛文龙争辩着说道你说五年复辽不一样是欺君之罪？袁崇焕厉声说道：\若我五年内不能收复辽东，愿用尚方宝剑自刎抵你性命！\又对毛文龙亲兵说：\若觉得杀毛文龙不对，你们现在杀我也可以！结果没有一个人动手，毛文龙带了上百亲兵还有自己的干儿子干孙子来，结果没一个人给他出头，这治军能力还妄想着割据一方，毛大帅也是个奇人。
见毛文龙的亲兵没有反应袁崇焕便命水营都司赵可怀用尚方剑处斩毛文龙。
随后将之前王廷试整编的东江镇二万八千士兵分编四协，由副总兵毛承禄（毛文龙干儿子）、中军徐敷奏、游击刘兴祚和副总兵陈继盛分别统领；东江事务暂交陈继盛代理。
次日，袁崇焕又给毛文龙举办了一个小小的葬礼，收缴了东江的兵符印信后返回宁远。
上疏列举毛文龙十二条罪状，同时自请处分。崇祯皇帝帝认为毛文龙狂妄悖逆，下旨安抚袁崇焕还嘉奖了他干的好，张榜告示东江军民不追究他们跟随毛文龙的事。
从这里看出崇祯皇帝也很厌恶这个骄横跋扈不听朝廷命令天天拿假战报骗人的军阀，他是完全同意斩杀毛文龙的，这哥们在自己的的塘报里面说他打死了后金兵几万人，还收复了一大堆土地结果他本人一直缩在皮岛上，天启初年毛文龙好认认真真打过几仗，后面几年就专们研究编假战报骗朝廷什么召唤黑龙全歼后金军，海滩上捡到上百石鱼都是毛大帅的杰作。
虽然后面袁崇焕下狱后多了个罪名谋款斩帅，但那是欲加之罪何患无辞的说法了，崇祯这人信任一个人时掏心掏肺，一但伤害到了他他就想把你挫骨扬灰，为了给袁崇焕凑够凌迟罪名就把这条给加上去了。
至于袁崇焕该不该死，我个人意见觉得不该，无论如何皇帝答应了他五年平辽，结果才一年多就把人杀了，当皇帝很重要的一点就是不能朝令夕改说什么就是什么，既然答应了五年那就五年，五年后做不到别说凌迟了他把袁崇焕剁成肉酱都没人说啥。
至于崇祯二年十月后金破关入寇写的文龙死大清兵入关完全就是春秋笔法了，后金的行动从来就没被毛文龙阻止过，前些年后金进攻铁山一个时辰不到铁山就丢了然后屠杀岛上军民，毛文龙有啥能耐阻止后金军入关呢？
