这时的战斗规模变小了，但凶险程度一点没降。变成了小股部队甚至三五人小组之间的遭遇战和搜索战。天策府的士兵们以什（十人）为单位，配上一面盾牌、几杆长枪、几把腰刀，再加一两个弓弩手，开始像梳子一样梳理每一条小巷，检查每一个可疑的院落。
这种战斗，极其考验士兵的单兵素质和小组配合。您永远不知道下一扇破门后面，是空无一物，是瑟瑟发抖的百姓，还是突然捅出来的长矛或者射出来的冷箭。
有个天策府的老兵，姓王，大家都叫他老王头，经验丰富。他带着手下几个新兵蛋子搜查一个废弃的染坊。院子里静悄悄的，堆满了破烂的染缸和杂物。一个新兵毛手毛脚就要去推正房的门，被老王头一把拽住。
“你小子不要命啦！”老王头压低声音骂道，“看地上！”
新兵低头一看，门口有不太明显的脚印，门闩的位置也似乎被动过。
“里面有人！”老王头使个眼色，两个盾牌手上前，猛地踹开门，同时举盾护住身前。果然，门刚开，里面就射出来两支弩箭，“哆哆”两声钉在盾牌上。紧接着，三个溃兵嚎叫着举刀冲了出来。
“杀！”老王头这边早有准备，长枪从盾牌缝隙里猛刺出去，瞬间放倒两个。第三个溃兵被侧面绕过来的新兵一刀砍翻。战斗眨眼结束，有惊无险。新兵吓得脸都白了，对老王头佩服得五体投地。这就是经验，是用血换来的。
还有更倒霉的。一队士兵在搜查一个富户家的地窖时，地窖里面黑灯瞎火，带队的伙长举着火把刚往下走，就听“轰”一声闷响，地窖里藏着的溃兵居然点燃了随身带的火药（可能是用来做炸炮的），虽然量不大，没炸塌地窖，但那伙长和靠前的两个弟兄当场被炸得血肉模糊，后面的人也被冲击波掀翻。等后面的人红着眼睛冲下去，里面几个溃兵也非死即伤。为了一窝藏在地窖里的老鼠，赔上了好几个兄弟的性命。这种损失，最让人憋屈。
除了溃兵，还有趁火打劫的地痞流氓。这帮人比溃兵还可恶，打仗的时候缩起来，城破了就跑出来抢劫商铺、淫辱妇女，无恶不作。天策府对这种人，下手最狠。一旦发现，基本是当场格杀，首级挂起来示众。在城西，一伙地痞正在抢劫一家布庄，还把老板的女儿给糟蹋了，正好被方百花亲自带队巡逻撞上。方百花二话不说，挺枪就上，一枪一个，像串糖葫芦，把那七八个地痞全给挑了，尸体直接扔到了大街上，旁边立个牌子：“趁乱作恶者，与此同类！” 效果立竿见影，城里的治安顿时好了不少。
第四天开始，重点转向更细致的筛查和安抚。
大规模的武装抵抗基本没了，工作重点变成了根据降官提供的信息和百姓的举报，筛查隐匿在民户中的溃兵和可疑人员。同时，开始着手恢复秩序，统计伤亡，掩埋尸体（主要是为了防止瘟疫），发放少量粮食安定人心。
这项工作更需要耐心和细致。士兵们挨家挨户敲门，核对户籍，询问情况。遇到可疑人员，先控制起来再说。这也难免会扰民，引起一些百姓的恐慌和不满。好在方腊军纪严明，邵仙英又亲自带着女兵和招募的妇人设立粥棚、救护伤患，慢慢安抚了百姓的情绪。
肃清工作一直持续了五六天，城里的零星的战斗声才彻底平息下来。睦州城，这座经历战火洗礼的城市，终于真正意义上，完全处在了天策府的控制之下。街道上，不再是溃兵和地痞横行，而是天策府士兵五人一队、十人一组的巡逻队；城门口，站着警惕的哨兵，核查进出人员；府衙门口，贴上了盖着“天策府行军大总管方”大印的安民告示。
空气里的血腥味和焦糊味还没完全散去，但一种新的秩序，已经开始在这片废墟上艰难地重建。肃清残敌的胜利，不仅仅是军事上的，更是心理上的。它向所有人宣告：睦州，已经换了一片天。接下来的，将是更考验执政能力的治理与重建。而肃清阶段积累的经验和暴露的问题，也为天策府日后占领其他城池，提供了宝贵的借鉴。
