“宇智波密室事件”，三天后。
木叶村，慰灵碑前。一场规模盛大，却又充满了诡异气氛的葬礼，正在举行。
宇智波富岳的灵柩（虽然里面空无一物），覆盖着木叶的旗帜。三代目火影猿飞日斩，正亲自，用他那苍老而沉痛的声音，宣读着悼词。
“……宇智波富岳，是木叶的英雄。他为了阻止一场足以颠覆村子的禁术暴走，为了守护木叶的和平，与敌人同归于尽…他的功绩，将永远铭刻在火之意志上…”
台下，纲手、自来也、止水，面无表情地站在人群的第一排。在他们的身后，是宇智--波一族那黑压压的、充满了悲痛与迷茫的族人。他们不知道真相，只知道，他们的族长，以一种最悲壮的方式，战死了。
葬礼结束后，猿飞日斩叫住了止水。
“止水…”他的声音，充满了疲惫，“从今天起，宇智波一族的未来，就交给你了。不要…再让悲剧重演。”
“我明白，火影大人。”止水的眼神，无比坚定，“我会用我的方式，守护这个家族…和村子。”
一场充满了“谎言”与“妥协”的盛大葬礼，将这场血腥的“内战”，在政治层面上，画上了一个“体面”的句号。
深夜。“根”部那早已被查封的、如今由自来也和日向一族共同看守的地下基地。
纲手，正带着她的核心科研团队（健太、志微、叶子），以及…那个如同最忠诚猎犬般、已经被“别天神”彻底改写了意志，如今代号为“杜鹃”的“心魔”（恭），正式，踏入了这座隐藏在木叶地底最深处的“潘多拉魔盒”。
在“杜鹃”这个“活体钥匙”的引导下，一个个隐藏在最深处的、连自来也初次搜查时都未能发现的“s级禁术库”，被缓缓打开。
在生物实验区，静音和志微，在一个被超低温忍术封存的密室里，发现了团藏毕生的“收藏”——数十个浸泡在特殊营养液中的、来自战国时代的、拥有各种稀有血继限界的“基因样本”！从雪之一族的“冰遁”，到不知名小国的“钢遁”，应有尽有！
以及…在那堆样本的最中央，被最严密的封印术式所保护的、一份散发着磅礴生命气息的、最完整的“初代火影·柱间细胞”的原始培养株！
在禁术区，健太和自来也，则在另一个密室里，找到了团藏从二代火影扉间那里“私藏”下来的、真正的“禁术卷轴”！
包括但不限于，二代火影亲笔撰写的“互乘起爆符”、“秽土转生”的早期手稿、以及…那份最恶毒的、用于控制所有根部成员的“舌祸根绝之印”的完整施术与解术方式！
看着眼前这些足以让整个忍界都为之疯狂的“知识”与“力量”，健太和志微，这两个“科学狂人”，已经激动得浑身颤抖，如同看到了神迹，几近昏厥。
“……这些…”纲手看着这些禁忌的“遗产”，眼中却没有丝毫喜悦，只有冰冷的凝重，“就是‘根’部真正的‘根’。肮脏，却又…强大。”
生命科学研究所，地下七号储藏库。
那份代表着“生命之源”的“柱间细胞”原始培养株，被纲手，亲手放入了最高级别的隔离培养箱中。
然而，就在培养箱的能量灯亮起的瞬间——
异变陡生！
隔壁房间，那个由“魂之笼”所守护的、正安静沉睡的白，突然发出一声痛苦的呻-吟！他那张纯净的脸上，露出了极度痛苦的表情！
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