而织田信长也没有搭理他们的意思，径直南下，直奔泷尾神社而去。泷尾神社内的山名军和河野军本来正在全力应付朝仓-浅井联军的攻势，丝毫没有注意到背后的不速之客。织田信长直接打破北门，突入神社内，泷尾神社瞬间陷入了极大的混乱之中。
朝仓宗滴见状，立刻指示浅井军让开泷尾神社的东门，而朝仓军则猛攻南门和西门，围三缺一。他只想拿下泷尾神社，不愿意和困兽犹斗的关西军队死拼而付出伤亡，自然乐意放他们离开。军心大乱的山名军和河野军也领了情，二话不说就开门逃窜，投奔智积院的游佐军和波多野军去了，泷尾神社也被南军成功占领。
随着天色渐晚，南北两军也逐渐偃旗息鼓，脱离了接触。南军在一天的攻势内，成功拿下了东寺。随林寺和泷尾神社。然而，由于长福寺的得而复失，目前位于东寺的今川军和随林寺的武田军，却被和鸭川东岸的南军主力分割开来了。
于是，天文十四年（1546）年4月9日起，南军为了打通两部之间的联系，开始集中兵力猛攻作为战略枢纽的长福寺。北军自然也不会轻易放弃这个抓手，将丢失了阵地的山名军和河野军也调到了西岸，由他们和毛利军、大内军、大友军、赤松军、浦上军一起，轮流进入长福寺戍守，抵御南军的攻势。
毛利家是大内家的从属，大友家和河野家是盟友，大内家和大友家也是同盟，而他们和山名军之间又有着共同的敌人尼子家——这几家大名在地缘利益上颇为一致，没有什么矛盾，也不会刻意地出卖友军，配合融洽。反观南军各部，从西边攻来的今川家与武田就爱和从东边攻来的斋藤家和北条家之间却是不对付。此消彼长之下，长福寺也是久攻不下。
而在鸭川东岸，朝仓军、浅井军、织田军、六角军、若狭武田军则在联合攻击三十三间堂、智积院一线的北军。这几家大名之间的利益纠葛同样错综复杂，难以全力以赴。奋战多日，才终于拿下了智积院。可随着游佐军和波多野军退到新日吉神宫，与作为二线预备队的尼子军会和后，东岸的南军就再也难以突破了。养精蓄锐的尼子军以雄厚的兵力发动多轮反击，险些将智积院又夺了回去。
就这样一直拉扯到了天文十四年（1546）年5月1日，战线还是毫无变化。细川晴元终于坐不住了，下令全线停止进攻，东寺和随林寺的今川义元和武田晴信也带着侍从从小路绕回了南军设在光明院一代的新本阵，重新召开评定会议，商讨对策。
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“这样拖延下去，什么时候才是个头？”久攻不下的细川晴元不由得有些烦躁起来，“皇宫和二条城一直落在逆贼手中，也不是办法，诸位爱卿可有良策？”
“一直这样纠结于一寺一社的得失是没有用的，千辛万苦打下一个地方，说不定转瞬又会被抢回去。而且打下一个地方，就要耗上十几天，一地一地磨蹭到二条城去，不得耗个一年？时间拖得越久，北军的防御工事修的越完善，我们越难打。”织田信长当仁不让地率先拍案而起。
“那依织田三郎的意思，是要想办法把局面搅浑？”一段时间的相处以来，朝仓宗滴似乎对织田信长愈发欣赏，“还是像我们在4月初的那一战那样，在多个寺社间快速迂回包抄，打穿北军的防线，从而想办法一口气夺取多个聚点？”
“不大现实吧……”六角定赖皱着眉咳了两声，“那一战能有奇效，是因为长尾家放弃阵地突入了鸭川东岸，这才露出破绽。经此一役，北军必然强调了此事，怕是再难有这样的机会了。各部都严守驻地，哪有什么穿插的机会？”
“我觉得说不定有机会。”向来都不参与军情讨论的今川义元罕见地发了话，却是不怀好意地看了眼武田晴信，“不知道为什么，长尾家的那位大人一见到大膳殿下就会红了眼，不顾一切地也要追杀他。如果让武田军在前线突出部诱敌的话，说不定可以引出长尾军，扰乱他们的战线。”
“治部殿下……”武田晴信感到十分无语地瞥了今川义元一眼，随后开口道：“大家不必在意，请继续讨论吧。织田三郎，到底有何高见，不妨明言？我是觉得眼下没有什么机会突破北军的防御了。”
“我的意思是，直接纵火就好了。”
