燧发枪的产线轰鸣与蒸汽机的初试啼声，标志着龙潜谷在器物层面正迈向一个全新的台阶。然而，陈默深知，技术可以引进甚至超越，但支撑技术持续创新、乃至引领社会变革的，是更深层次的思想与人才。龙潜谷不能只满足于拥有先进的武器和机器，更需要拥有能理解、掌握并发展这些知识的大脑，需要一套完全不同于旧时代的教育体系。
就在“初号机”试验成功后的第七天，一场不同寻常的奠基仪式，在龙潜谷核心区一片依山傍水、精心规划出的土地上举行。没有万民伞时的喧闹，没有恩科放榜时的沸腾，只有陈默、苏瑾、林清源、王铁柱等核心成员，以及一批被精心挑选出来的年轻人肃立在场。
一块巨大的青石被安放在奠基坑旁，上面覆盖着红布。陈默走上前，亲手将红布揭开，露出石头上镌刻的四个苍劲大字——龙潜书院。
“从今天起，这里将不再仅仅是传授识字算数的学堂。”陈默的声音在寂静的场地上传开，清晰而坚定，“这里，将是思想的灯塔，是探索万物之理、培养未来栋梁的摇篮！龙潜书院的使命，不是培养只会背诵经义、皓首穷经的酸儒，而是培养能够格物致知、经世致用、推动我龙潜谷乃至天下向前发展的实干之才与睿智之士！”
这番话，如同惊雷，在在场每一个年轻人心中炸响。他们中有在扫盲夜校表现优异的平民子弟，有在恩科中展露头角、被陈默认为有培养潜力的韩明等人，甚至还有几个在工建司、医署表现出特殊天赋的年轻工匠和学徒。他们被选拔出来，将成为龙潜书院的第一批学生。
陈默自任院长，林清源担任副院长，负责日常管理与人文教化。而书院的课程设置，则完全颠覆了传统。
数学，不再是简单的加减乘除，而是由陈默亲自编写教材，引入了阿拉伯数字、代数方程、基础几何乃至初步的微积分概念。他通过测量田亩、计算粮仓容积、设计水渠坡度等实际问题，引导学生理解数学作为工具的力量。
“先生，这‘未知数’x，当真奇妙！以往觉得纷繁复杂的关系，用它一代，竟能梳理得如此清晰！”韩明在演算完一道关于物资调配的方程后，忍不住惊叹。他以往所学的算经，在此刻显得如此笨拙。
物理，课程更是新奇。陈默从王铁柱的工坊搬来了齿轮组、杠杆、滑轮，甚至将那台还在不断改进的“初号机”模型也搬到了课堂外的空地上。他讲述力的作用、能量的转换、蒸汽推动活塞的原理。
“大家看，锅炉燃烧，将水变成蒸汽，这是热能。蒸汽推动活塞，这是动能。飞轮转动，可以带动锻锤，这就是能量的利用！”陈默指着那台噗噗作响的模型，大声讲解。工匠出身的李鲁听得如痴如醉，他以往靠经验摸索的许多技巧，此刻仿佛找到了理论的支撑，许多改良的灵感不断涌现。
化学，则更加神秘。陈默设立了专门的“丹房”（化学实验室），带着学生们认识基础的酸、碱、盐，演示简单的化合、分解反应，讲解燃烧的本质，以及硫磺、硝石、木炭按比例混合后为何能产生巨大的爆炸（黑火药原理）。虽然出于安全，并未深入涉及火药配制，但这已足够打开一扇新世界的大门。
“原来……世间万物，皆是由不同的‘元素’构成，还能相互转化？！”一个原本对草药感兴趣的医署学徒，看着杯中液体颜色的变幻，眼中充满了震撼与求知的光芒。
除了这些核心的自然科学，书院还开设了地理（陈默根据自己的记忆和商旅见闻绘制了粗略的世界地图，讲述各方风物）、生物（基础的动植物分类与农学应用），甚至还有由林清源主导的、以《龙潜律》和新政理念为核心的思辨课，旨在培养学生逻辑思辨与批判性思维的能力。
教学方式也截然不同。陈默强调“学思结合，知行合一”。课堂上鼓励提问和辩论，课后则安排了大量的实地观察和动手实践。数学班的学生要去协助户曹丈量土地、核算账目；物理班的学生要参与工坊的器械设计与改良；化学班的学员则要协助医署分析药材成分，或去研究如何提高肥料的效力。
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