林祈化作贤者之石，已经过去了数年。出云在新家园的轨道上平稳运行，四季更替，万物复苏。战争留下的伤痕被一点点抚平，新的城市在废墟上拔地而起，田野再次铺满绿意，孩子们的笑声重新回荡在街头巷尾。生活，仿佛终于回归了久违的平静。
圣芙蕾雅学园依旧是出云的核心。德丽莎和姬子扛起了领导的重担，她们将林祈留下的贤者之石和那枚记录着最后留言的记忆晶体，安放在学园中央纪念馆最深处的水晶基座上。这里成了许多人寻求内心平静的地方，触摸着那块温润的石头，仿佛就能感受到那份沉默而坚定的守护从未远离。
日常的训练和巡逻仍在继续，只是武器换成了更为安全稳定的下位替代品。琪亚娜挥舞着冰蓝色的训练长枪，动作越发沉稳；芽衣的以太刀术愈发精湛，眉宇间却多了几分沉淀的思绪；布洛妮娅和希儿领导下的工造司与研究所，不断优化着出云的防御系统和民生技术。符华教导着学员，符识虽然依旧跳脱，但也渐渐找到了与人相处的方式；幽兰黛尔守卫着边疆，温蒂的风带来远方的消息。西琳偶尔会来看看，大多时候还是独来独往，但眼神中的戾气确实少了许多。
八重樱带着那个小小的水晶人偶，在鸣神大社旧址上重建了神社。人偶依旧不能动，也不能说话，但那双水晶眼眸中偶尔会闪过一丝灵动的光，让八重樱坚信，妹妹的意识正在其中慢慢温养。她会抱着人偶，坐在樱花树下，轻声讲述着过去的故事，也讲述着现在出云的变化。
然而，平静之下，一些微妙的变化也在悄然发生。
由于林祈挪移星辰时，得到了【存护】星神克里珀力量的直接灌注，这股极致守护的概念不仅保护了出云的实体，更深层次地影响了这片土地上生灵的本质。一种奇特的抗性，在部分对能量敏感或者心志坚韧的人身上显现出来。
他们发现，自己竟然能够在一定程度上接触、甚至引导那原本象征着万物终结、令人陷入绝对沉沦的“虚无”力量，而自身却不会像其他宇宙的虚无行者那样彻底迷失心智，丧失自我。他们依然能感到悲伤、痛苦、迷茫这些负面情绪，却不会被其吞噬，反而能以一种奇异的清醒状态，去观察、理解，甚至尝试去“梳理”这些虚无的侵蚀。
慢慢地，开始有了一些人，他们自称“静默行者”，行走在出云的边缘，那些曾经被虚无轻微沾染、尚未完全恢复的土地上，用自己的方式，小心翼翼地“安抚”着那些躁动不安的虚无裂痕。他们无法根除虚无，却能像医生处理伤口一样，减缓它的扩散，净化被其污染的区域。
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