随后，她颁布《四川卫所整顿及新兵招募令》，将皇帝的意志和新的政策公之于众。告示明确宣布：
一、即日起，全面核查四川境内所有卫所。
二、所有军户，即刻解除军籍，恢复民户身份。
三、原卫所屯田，将进行清丈，按户计口，授予原军户耕种（需按民田标准缴纳赋税），多余田亩收归官有。
四、于成都、重庆、泸州等地设立“征兵局”，招募十六至三十岁身家清白、身体强健之良家子入伍。合格者，饷银倍于旧军，家属可免部分徭役。
五、原卫所军官，经考核，合格者可转入新军任职，或转任地方治安所担当吏员，负责维持地方治安，俸禄由朝廷统一发放；不合格者，予以革退；有贪腐行为者，主动坦白，可从轻发落。
这道命令如同在平静的湖面投下巨石，在四川乃至周边省份引起了巨大反响。无数困苦已久的军户闻讯，首先是不可置信，但在确认了事实之后就随即爆发出巨大的欢呼，许多人跪地叩谢皇恩。
这意味着他们终于摆脱了世世代代被卫所军官们束缚和盘剥的命运！
而“厚饷征兵”的消息，也吸引了许多生活困顿的农民和手工业者，各地征兵局前很快排起了长龙。
当然，阻力也显而易见。
一些世袭军官及其家族，不甘心失去权力和赖以生存的屯田利益，或明或暗地进行抵制，散布流言，甚至有人暗中与尚未完全肃清的土司残部勾结，制造小规模的骚乱。
对此，秦良玉毫不手软。
她派出的新军和监察宪兵，以犁庭扫穴之势，迅速扑灭了数起叛乱，将为首者公开处决。
同时，她也展现出灵活的手腕，对于愿意配合、主动交出权力和部分非法所得的旧军官，给予一定的转职机会或经济补偿，以分化瓦解抵抗力量。
改革的浪潮，以四川为中心，开始向四周扩散。
而这一切的推动者秦良玉，在繁忙的军务和政务之余，总会不自觉地望向西南贵州方向。那里，她的儿子马祥麟，正按照新的方略，在贵州的烽火中，同时进行着平定与建设的双重任务。
她知道，他和马祥麟母子二人，正站在一场伟大变革的最前沿，用剑与火，用血与汗，为这个古老的帝国，开辟着一条充满希望却也布满荆棘的新生之路。
而皇帝朱常洛的信任与支持，就是她们最大的底气。
