解决了困扰南征大军最大的两个敌人——疟疾与暑热之后，马祥麟所部新军第一旅的战力与士气均达到了前所未有的巅峰。
他继续按照皇帝朱常洛的指示，大力招揽当地擅长山地丛林作战的土人入伍，经过严格筛选和政治教化，择其精锐补充进队伍。
并且以此为基础，将他麾下原本就功勋卓着的大明皇家新军第一旅，奉命进行了一次关键性的扩编，升格为大明皇家新军第一师，马祥麟任命第一师的师长。
第一师下辖三个步兵旅，每旅满编五千人，总兵力达到一万五千人，成为了一支真正能够独当一面的战略拳头力量。
与此同时，在四川坐镇后方的秦良玉也紧锣密鼓地执行着皇帝的扩军命令。
她利用四川的人力和物力优势，持续征募新兵，加以严格编练。
将先前奉命入黔支援改土归流作战的大明皇家新军第五旅（周敦吉因表现突出被升为新军第五旅的旅帅） 与第六旅（孙传庭1619年中进士，因不满文官之间的利益纠缠，依然弃笔从戎加入大明皇家新军，因此被朱常洛任命为新军第六旅的旅帅，由于他具有文官背景，因此也格外受到文官集团的青睐。），扩编为大明皇家新军第五师和第六师，每师编制同样为一万五千人。周敦吉和孙传庭分别为师长，秦良玉则为大明西南军总督。
第五师和第六师在经过训练之后，就迅速调往云贵前线。它们肩负着双重战略任务：其一，以强大的武力作为后盾，严厉镇压任何敢于反抗的残余土司势力，巩固并扩大“改土归流”的成果，确保新设立的府县政权能够稳定运行；其二，也是更重要的，便是作为马祥麟第一师的坚强后盾与侧翼掩护，全力支持其继续挥师南下，攻入缅甸，为实现皇帝“打通东南亚出海口”的宏图迈出最关键的一步。
当然在西南方面军扩军的同时，大明皇家新军第二、三、四、七、八旅也都同时扩军为师，每师同样都有人，装备的都是大明皇家制造局和西山兵工厂生产的新式燧发枪和后膛轻型野战火炮。另外在再加上孙元化的登莱海军陆战队3万人、沈有容的福建广水师3万人，熊延弼的辽东新军8万人，祖大寿的3万关宁铁骑以及由宗室勋贵子弟组成的大明皇家亲军人。
原本朱常洛最初成立皇家亲军只招收落魄宗室5000人，目的是想要给那些落魄宗室子弟一条能够养家的上升之路，激发出他们心中的血性。可是没想到这支以落魄宗室为主的皇家亲军在蓟州之战的守卫工作中居然做的十分出色，在蓟州最危急的关键时刻他们挺身而出挡住了八旗兵的攻击，在整个蓟州保卫战中弓牺牲两千人以上，其中也涌现出来了以鲁王朱以派的庶子朱冕甫为代表的一大批杰出人才。
在战后封赏的时候朱冕甫因功被破例封赏为镇国将军，同时也担任新组建的新军第七旅旅帅，驻守武汉后又因扩编而升职为第七师师长。
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