原本象征着殖民权威的总督府（此时通常称“兵头”或“巡航兵头”住所）前，也是人心惶惶，留守的少量葡兵士气低落，根本无法组织起有效的防御。
一些较为激进的葡萄牙军官和商人叫嚣着要“与澳门共存亡”，试图依托早期修建的、并不算坚固的炮台和栅栏工事进行抵抗。
然而，更多的理智者则清楚，面对刚刚歼灭了阿尔瓦雷斯主力舰队的明军，澳门这点微薄的力量，根本不堪一击。强行抵抗，只会招致彻底的毁灭。
就在这混乱与绝望的气氛中，陈璘的舰队已然抵达澳门外海。
庞大的船队并未立即发动进攻，而是在外洋一字排开，巨大的船身和密布的炮口带来无与伦比的压迫感。
陈璘派出使者，乘坐小船，高举令旗，直抵澳门码头，向葡萄牙留守当局下达了最后通牒。
通牒言辞犀利，义正词严：“……尔等西夷，昔蒙天朝恩典，准予濠镜暂居贸易，然尔等不思感恩，反生觊觎，蚕食土地，私筑城垣，更兼勾结倭寇，劫掠海疆，罪孽深重！今又悍然兴兵，犯我广州，天兵震怒，聚而歼之！兹特命尔等，即刻弃械投降，交出所有城防、舰船、武器，听候天朝发落。若敢负隅顽抗，大军所指，片甲不留，届时玉石俱焚，悔之晚矣！”
这最后的通牒，击垮了澳门葡萄牙人残存的抵抗意志。在大明水师明晃晃的武力威慑面前，葡萄牙人知道任何抵抗都显得徒劳而愚蠢。
经过短暂而激烈的内部争论之后，澳门议事会最终决定投降。
翌日，澳门城门洞开，以澳门裁判长（通常代表最高民事权威）为首的葡萄牙投降代表，身着素服，手捧澳门的城门钥匙和户籍册籍，徒步走出城门，来到陈璘的座舰前，匍匐在地，正式向大明水师总兵官陈璘请降。
陈璘身着戎装，按剑立于船头，接受了投降。
他目光冷峻地扫过那些战战兢兢的葡萄牙人，沉声道：“即日起，濠镜重归大明版图！尔等夷人，侵占澳门期间所获财产暂且封存，上报报朝廷后由皇上定夺。”
随着明军水陆官兵浩浩荡荡开进澳门，标志着自嘉靖年间以来，被葡萄牙人窃据数十年的澳门，终于回到了祖国的怀抱。
城墙上的葡萄牙王室旗帜被降下，取而代之的是大明帝国的日月旗。
码头上、街巷间，随处可见欢呼雀跃的本地中国居民，他们长期忍受着殖民者的欺压，此刻终于得以扬眉吐气。
