为了应对日军的游击战术，清剿部队采用了“以彼之道，还施彼身”的策略，将部队化整为零，分成数十支小股游击小队，每队10-15人，由本地向导带领，在丛林中搜索日军的据点。游击小队的士兵们学习日军的隐蔽技巧，利用丛林地形伪装自己，悄悄接近日军据点，发起突然袭击。
在一次丛林清剿中，游击小队队长张明发现了日军的一个秘密据点，隐藏在一处山谷的洞穴中，约有50名日军驻守。陈明下令小队成员分散隐蔽，在洞穴周围布设包围圈；同时，派遣两名队员绕至洞穴后方，用炸药包封堵洞穴的出口。一切准备就绪后，陈明下令发起进攻，手榴弹与机枪火力向洞穴入口倾泻，日军试图从出口逃窜，却被炸药包封堵，陷入绝境。经过一个小时的激战，游击小队成功攻克该据点，歼灭日军40余人，缴获步枪30支、手榴弹50枚。
丛林清剿战异常艰苦，士兵们不仅要面对日军的袭击，还要抵御恶劣的自然环境。山区的高温潮湿让不少士兵患上了疟疾、痢疾等疾病，非战斗减员持续增加；丛林中的蚊虫、毒蛇与野兽也对士兵们的安全构成威胁。但清剿部队的士兵们凭借坚定的意志，克服了重重困难，逐步肃清了丛林中的日军据点。
1944年7月中旬，经过一个多月的清剿作战，日军的游击据点被逐一拔除，残余兵力仅剩约1000人，被清剿部队围困在卡普阿斯河谷的一片狭小区域。卡普阿斯河谷是中部山区的核心地带，河流两岸是茂密的丛林与陡峭的山地，日军在此构建了最后的防御工事，企图作困兽之斗。
李明远判断，这是歼灭日军残余势力的最后机会，下令集中清剿部队的主力，对卡普阿斯河谷的日军发起总攻。7月20日拂晓，总攻正式打响。清剿部队的炮火对日军的防御工事展开地毯式轰炸，105mm榴弹炮与75mm山炮的轰鸣声震耳欲聋，日军的碉堡与战壕被逐一炸毁；“猎豹”战斗机中队从巴厘巴板机场起飞，对日军的集结区域展开精准打击，为地面部队提供空中支援。
在地面进攻中，清剿部队兵分三路，从河谷的东、西、北三个方向发起冲锋。日军的抵抗异常顽强，他们利用河谷的地形，与清剿部队展开近距离肉搏，卡普阿斯河谷的沙滩上、丛林中、河流里，到处都是激战的身影。士兵们用步枪、机枪、手榴弹与日军展开殊死搏斗，鲜血染红了河谷的河水，尸体遍布战场。
在战斗的关键时刻，日军指挥官松井太郎组织了一支敢死队，企图从河谷南部突围。敢死队的士兵们身上绑满炸药包，向清剿部队的防线发起冲锋。清剿部队的士兵们毫不畏惧，用密集的火力阻击，不少敢死队员在冲锋途中被击毙，炸药包爆炸，掀起阵阵血雾。松井太郎见突围无望，切腹自尽，残余日军失去指挥，抵抗意志崩溃，纷纷放下武器投降。
经过三天三夜的惨烈激战，清剿部队终于在7月23日彻底歼灭了卡普阿斯河谷的日军残余势力，至此，加里曼丹岛中部山区的日军被全部肃清。
1944年8月，随着中部山区日军的彻底肃清，加里曼丹岛战役正式宣告结束。这场历时四个月的惨烈战役，加里曼丹远征军共歼灭日军3.5万余人，其中击毙2.7万人，俘虏8000余人，缴获坦克40辆、火炮60门、步枪3万支、子弹500万发，以及大量的石油、煤炭、金矿等战略资源。远征军也付出了沉重的代价，伤亡达1.2万余人，其中牺牲4000余人，负伤8000余人，无数将士长眠在加里曼丹岛的土地上。
