……上集回顾……
宝太郎在炼金教室反思哥查德驱动器的责任，凛音与崔飞分别给予他鼓励与警告，坚定了他拯救同伴的决心。
与此同时，格里恩在冥黑基地谋划新时代，命令伽耶利亚和拉奇涅蕾丝强行带阿特洛波斯姐妹回归。
阿特洛波斯和克洛托在逃亡中被围堵，凛音与宝太郎及时赶到，凛音吸收阿特洛波斯力量进化成王权驱动器，与伽耶利亚展开对决并将其击败。
格里恩因拉奇涅蕾丝带回克洛托而决定用其再炼成贤者之石，同时派遣阿尔萨德和海尔克雷斯寻找剩余克米卡……
…现在，冥黑死亡面具基地祭坛…
“拉奇涅蕾丝，将克洛托带上来！”格里恩的声音再次响起，这次带着不容置疑的冷冽。
拉奇涅蕾丝微微一颤，但很快恢复镇定，她尖笑着回应：“遵命，大人。”
随后，她转身快步离开祭坛，从冥黑传送门那里将昏迷的克洛托给带到了祭坛上，并且绑在了上面。
拉奇涅蕾丝将昏迷的克洛托粗暴地扔在祭坛上，黑晶藤蔓像毒蛇一样迅速缠绕住她的身体，将她牢牢地固定住。
“格里恩！你这是要做什么？”克洛托缓缓睁开眼睛，看到周围的景象，以及自己被束缚的状态，声音虚弱却充满愤怒。
格里恩没有回答，他手中的黄金魔方已经停止了闪烁，猩红的潮汐完全平静下来，仿佛一头沉睡的巨兽被彻底唤醒。他缓缓地举起魔方，对准克洛托。
“克洛托，我的女儿，你的力量强大且纯粹，是完美的再炼成材料。”格里恩的声音低沉而沙哑，听不出一丝感情，“为了新世界的诞生，你将成为最耀眼的基石。”
“新世界？你所谓的‘新世界’就是将所有人都变成没有思想的傀儡吗？”克洛托挣扎着，黑晶藤蔓勒入她的皮肤，渗出点点血珠，“你永远也得不到你想要的！”
格里恩的脸上露出一丝诡异的笑容：“克洛托，力量，才是这个世界的唯一法则。而你，将是我力量的源泉。”
他手中的魔方开始发出耀眼的红光，祭坛上的法阵也跟着亮了起来，复杂的符文像活过来一样蠕动着，将克洛托包围在其中。
“不要！”克洛托绝望地嘶吼着，她能感受到一股强大的吸力从魔方中传来，她的生命力正在被一点点地抽离，身体…体已经变得透明，就像阿特洛波斯一样。
…炼金学院…
“我一直有一种不好的预感，宝太郎！”凛音看着契约戒指说道。
“我也有同感，总感觉要发生什么不好的事情！”宝太郎看着凛音说，他顿了下又继续说，“对了，崔飞前辈呢？”
“在冥思让什么进化凯米来削弱十列车的副作用，用炼金术语说就是在闭关。”凛音俏皮地回答。
“进化凯米...”宝太郎眼神亮了起来，随后又暗淡了下去，“前辈的炼金术应该还没有恢复吧？”
“是啊，他之前用禁术让蒸汽列车进化为十列车，炼金术还在恢复中。”凛音担忧地皱起眉头。
…冥黑死亡面具基地祭坛上…
克洛托的瞳孔逐渐失去血色，黑晶藤蔓已深入她脊椎，挤压着她的身体，令她的身体越来越小，直到缩小至大腿大小，生命力已经流失殆尽。
“贤者之石，黄金龙！”格里恩高举着的黄金龙凯米卡散发着令人心悸的猩红光芒。随着他最后一丝炼金能量的注入，克洛托的身体化作漫天金粉消散在黑暗中。
“多么完美的炼金术啊。”格里恩沙哑的嗓音在空旷的祭坛回荡，“没有什么比用自己女儿炼成贤者之石更美妙了。”
“贤者之石？黄金龙？”没有去寻找凯米的海尔克雷斯在祭坛的门外小声并冰冷地嘀咕，“这根本不是炼金术的胜利，而是最卑劣的亵渎。”
格里恩的笑声在黑暗中回荡：“那些无知的凡人，连等价交换才是炼金术最基本法则都不知道。”
“等价交换。”海尔克雷斯的声音依旧小声，“哼，这交易，未免太愚蠢了。”
“等价交换、用低价值的废物炼成高价值的黄金，这才是炼金术最初，最朴实无华的理想不是吗？”格里恩如同听到了海尔克雷斯的窃窃私语，格里恩的声音陡然提高，仿佛在向整个世界宣告他所谓的“真理”。
“他注意到我了？”海尔克雷斯看了看周围，海尔克雷斯看了看周围，发现并没有人注意到自己，心中暗自松了口气。
但他知道，格里恩这是在警告他。“哼，就算他注意到又如何，我绝不认同他这种扭曲的炼金术。”他转身消失在了冥黑之中。
“叛徒终于露出了马脚了吗？”格里恩冷笑一声，随后将拉奇涅蕾丝唤上祭坛，“拉奇涅蕾丝！”
“在！遵从格里恩大人之命。”
“去将刚才的叛徒带回来！”
“明白！”
…炼金学院…
随着一股冥黑散去，海尔克雷斯出现在了炼金学院，宝太郎和凛音惊讶地看着突然出现的他。
“海尔克雷斯？”宝太郎警惕地问道，“你来干什么？”
海尔克雷斯看着他们，将格里恩用克洛托炼成贤者之石的事详细说了一遍，“信不信由你们，但我不能眼睁睁看着他继续用这种扭曲的方式进行炼金术。”
宝太郎和凛音听后，脸上满是震惊与愤怒。“这个格里恩，简直丧心病狂！”宝太郎紧握着拳头，眼中燃起怒火。
就在这时，一阵冥黑气息传来，拉奇涅蕾丝出现在学院门口。
“海尔克雷斯，你这个叛徒，跟我回去！”她恶狠狠地说道。
