大会十分顺利的完毕，在会议结束之后，周亦云开始了日共改造计划，首先从组织架构鉴于现在组织人员较少，周亦云，野坂参三和佐野学组成的中央常务委员会进行工作，在确定 武装反抗与地下斗争方针之后
周亦云对着野坂参三和佐野学强调：“党应当发动在日本和红色联盟的党员回到群众中去，组织秘密的革命支部，在去除从教条主义之后，我们要重新走上革命的大道”。
在日本反动派十分强大的基础上，全党将全部转入地下进行斗争，为了适应需将组织进行调整在莫斯科的日共中央机关将由莫斯科迁移到符拉迪沃斯托克，建立秘密的情报，军事工作机关，现存的日共的党员全部转入地下重新建立建立严密的秘密交通网和联络系统，在周亦云的邀请下林娥化名山本云子负责组建情报工作，由于党经常被叛徒出卖与特务破坏，日本政府情报人员、黑涩会势力渗透到内部，让叛徒如三田村四郎等人频繁出现，严重威胁日本共产党的安全。
由于日本共产党下几乎没有地下斗争经验，也缺乏专业保卫力量，日本共产党的组织基础薄弱，缺乏应对白色恐怖的秘密工作经验，在此背景下，1930 年 1月，所以在周亦云的建议下，在莫斯科和符拉迪沃斯托克成立中央特科，作为直属中央的最高秘密工作机构，负责情报搜集、反特务、保卫中央机关、营救同志、惩处叛徒等任务。
日共中央特科将仿造，华夏红党下设四个科室，1，设立总务科，负责负责中央机关的秘密选址、布置和掩护，处理善后事务（如转移机关、营救被捕同志、安葬牺牲者）还有必要时将执行镇压叛徒、处决特务的任务。
2，情报科，搜集日本反动派政府的军政情报，建立秘密情报网络，在日本军国主义和法西斯的压迫下联系，各界人士（包括进步人士、日本政府内部人员）建立联系，获取机密信息，并且负责情报的分析、传递和保密工作。
3，行动科负责执行锄奸任务，营救被捕同志；在紧急情况下进行武装保卫（如护送中央领导转移）。
4，交通科组建之后将与华夏红党，红色联盟合作，重新建立前往日本本土的建立秘密交通线，在武装起义以后他们将负责日共中央和各根据地、苏区的文件、物资的传递，他们也将负责培训无线电报务员，建立地下电台，保障红色联盟和日本本土的通讯联络。
在白色恐怖之中日本共产党遭受严重的破话，要以恢复失落党员的联系和发展党组织为第一要务
为了在在白色恐怖下，党组织能够生存下来，周亦云借鉴红党经验和日本自身的情况指定了严格的党员标准与审查并且明确表示了在白色恐怖下，党组织应该更加注重党员的阶级觉悟和忠诚度，在向日本国内下发的文件强调质量优先于数量。新党员需经严格考察，履行秘密入党手续，切断与公开身份的联系。
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