昆明既定，负隅滇南的普名声闻风丧胆，自知独木难支，连忙遣使奉上降表，表示愿去王号，交出兵权，只求保全性命。朱常沅权衡利弊，为免再生战端，迅速稳定云南大局，接受了普名声的投降，将其迁往南宁闲居，其部众被打散整编。
至此，云南全境，至少在名义上，重归大明版图（永明亲王治下）。
平定云南的善后工作极为关键。朱常沅展现出高超的政治手腕：
尊崇沐府：他亲自迎接沐天波进入昆明，以晚辈礼相见，将沐天波安置回黔国公府，并上表隆武朝廷，为沐天波请功，表其忠贞。此举赢得了所有忠于明室的云南官民之心。
军政分设：朱常沅自领“云南总兵官”，负责全省军事防务，李元胤为副总兵，驻守昆明。同时，启用归附的能吏和带来的文官，组建云南承宣布政使司，负责民政、财政，恢复生产。
安抚土司：对云南各地土司，重申盟约，确认其权力，但要求其遵守法度，缴纳赋税，提供兵员，逐步将其纳入统一的行政军事体系。
论功行赏：对木氏土司等有功之臣大加封赏，对归降的沙普旧部量才录用，稳定人心。
站在重新飘扬起大明旗帜的昆明城头，朱常沅眺望着远方的群山。平定云南，使他获得了一块远比广西富庶、战略位置更重要的根基之地。然而，他心中并无太多喜悦，反而更加沉重。清军的威胁依旧存在，隆武朝廷前途未卜，内部整合千头万绪。
“王爷，云南已定，接下来……”沐涵来到他身边，轻声问道。
朱常沅收回目光，眼神坚定：“整顿内政，积蓄力量。云南，将是我们真正的抗虏基地。通知下去，加紧整训新附之军，督造军械，囤积粮草。更大的风暴，恐怕不远了。”
春城昆明的光复，标志着朱常沅势力达到了一个前所未有的高峰。但站在这高峰之上，他看到的，是更加广阔却也更加凶险的天地。
