永历九年夏秋之交，清廷在军事、经济上的疯狂反扑，并未能立即扭转江南的败局，反而像一剂猛药，其剧烈的副作用开始在帝国肌体内部迅猛发作。外部的压力如同一面镜子，照出了这个依靠武力粘合起来的政权内部，那深藏已久的裂痕与矛盾。满汉矛盾、皇权与摄政王的权力之争，在这空前危机的刺激下，急剧激化，形成了汹涌的暗流。
多尔衮为筹措军饷、安置八旗而推行的“圈地令”和“投充法”，主要受害者是北方的汉人百姓乃至中小地主。这种赤裸裸的掠夺，不仅激起了民变（如山东于七起义初现端倪），更让朝中的汉人官员感到唇亡齿寒和极大的屈辱。
一日朝会，都察院一位汉人御史龚鼎孳（后降清）冒着风险上疏，委婉地提出：“……圈地投充，虽解燃眉之急，然恐失天下之心。百姓失业，铤而走险，恐非国家之福。可否稍宽其禁，以示皇上浩荡之恩？”
话音刚落，满洲权贵鳌拜便厉声打断：“放肆！天下乃我满洲勇士血战得来！些许田宅，赏赐八旗，乃天经地义！汉人百姓，能得活命已是恩典，安敢妄议国政？尔等汉官，莫非心向南蛮？”
此言一出，殿内汉臣皆面色惨白，噤若寒蝉。龚鼎孳更是吓得跪地请罪。多尔衮虽未当场发作，但眼神冰冷，显然对汉官的“不识时务”极为不满。退朝后，他私下对心腹道：“汉人终不可信！用其才，亦需防其心！” 猜忌的种子，愈发深种。此后，汉官在军政大事上更加谨小慎微，但内心的离心力却在悄然增长。洪承畴在南方前线，也频频受到满人监军的掣肘，用兵难以施展。
顺治皇帝年岁渐长，对皇叔父多尔衮长期独揽大权日益不满。此次江南惨败，正给了顺治及其母后孝庄文皇后（布木布泰）联合反对派势力向多尔衮发难的绝佳机会。
以郑亲王济尔哈朗、巽亲王满达海为首的宗室亲王，本就对多尔衮的专横跋扈心存芥蒂，此时便时常在顺治面前或小范围议事时，含蓄地指责多尔衮“战略失当”、“用人不明”，才导致江南大局糜烂。他们试图将军事失败的责任引向多尔衮的个人决策。
一次御前议政，商讨由谁出任新的江南统帅时，济尔哈朗便建言：“豫亲王（多铎）新败之余，恐难当重任。是否可议他人？” 此言暗指多尔衮任用亲弟多铎不当。
多尔衮岂是易与之辈？他立即反击，将矛头指向具体将领：“江南之失，罪在哈哈木、管效忠等守将无能怯战！我已严惩！如今用人之际，正当倚重亲信！豫亲王久经战阵，乃不二人选！” 他凭借多年经营的权势，强行压下了异议，但仍感到皇座旁那冰冷的视线。
退入后宫，孝庄太后亦对顺治帝谆谆教导：“皇帝日渐成年，当知为君之道。天下者，非摄政王一人之天下。江南之败，正是历练之机，需学会观臣下之忠奸，揽治国之权柄。” 顺治默然点头，眼中闪烁着与年龄不符的深沉。
面对烂摊子，清廷高层在战略上出现严重分歧：
激进派（以多尔衮、多铎为代表）： 主张不惜一切代价，集中主力，尽快南下与永历军决战，夺回江南。认为拖延只会让南明坐大。
稳健派（以济尔哈朗、部分汉官为代表）： 认为当前兵力不足，士气低落，应暂取守势，稳固北方，特别是黄河防线，消化已占之地，同时利用政治手段分化瓦解南明阵营，待时机成熟再图南下。
消极派（部分被吓破胆的满洲贵族）： 甚至暗中流传退守关外，保有辽东“龙兴之地”的论调，虽不敢明言，但影响了部分人的心态。
这些争吵使得清廷的决策效率低下，政令时常前后矛盾。多尔衮虽能凭借权威强行推动其主张，但执行的阻力巨大，内耗严重。
北京的紫禁城，在江南战事的阴影下，俨然成了一个充满猜忌、倾轧和焦虑的囚笼。外部的敌人固然强大，但内部的裂痕，或许才是这个新生王朝真正致命的隐患。多尔衮站在权力的巅峰，却感到四周寒意逼人。他深知，如果不能迅速在战场上取得一场决定性的胜利来挽回威望，那么，来自内部的风暴，可能比南明的军队更加危险。
当北京城深陷党争倾轧的泥潭时，在前线真正直面永历兵锋的清军将领，则感受着更为切肤的痛楚与焦虑。其中，最清醒也最无奈的，莫过于身负“招抚南方”重责，坐镇湖广前线的大学士、兵部尚书兼右副都御史，招抚南方总督洪承畴。
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