这个决定，巧妙地平衡了双方。既惩罚了祖大寿的过失，给了清流们一个交代；又保住了他的性命和基本地位，将其纳入孙承宗和沈渊的体系之下，化为了改革的一份力量，尤其是其丰富的边防经验，对新军编练确有价值。
要求严惩的官员们面面相觑，虽心有不甘，但皇帝已做出裁决，且听起来合情合理，他们一时也找不到更强硬的理由反对。
祖大寿风波看似平息，但反对派们已然意识到，通过常规的朝堂争论，难以撼动深受帝心信赖的沈渊。
他们决定不再纠缠于具体人事，而是发起一场旨在从根本上否定沈渊执政合法性的总攻。
数日后，一份由数十名官员联名、措辞极其严厉的奏疏，被直接呈送到了崇祯的御案前。
这份奏疏，不再攻击具体政策，而是直接指向沈渊本人及其权力来源：
“陛下！臣等泣血上奏！侍讲学士沈渊，以妖言惑众，窃据君侧，威福自专，其罪昭昭！”
“其一，架空内阁，紊乱朝纲！国家大事，不经由阁臣部院议处，皆由其于西暖阁内私相授受，视朝廷法度如无物！”
“其二，结交内侍，窥探禁中！与王承恩等阉宦过从甚密，把持宫禁消息，其心叵测！”
“其三，滥用酷吏，罗织罪名！其掌控之内卫，如同厂卫再现，侦缉百官，恐吓吏民，朝野侧目，人人自危！”
“其四，穷兵黩武，耗竭国力！妄言编练新军，实则欲掌兵权以自重！更欲行苛法峻税，盘剥天下以充其无底之壑！”
“其五，推崇异端，败坏士风！格物院所行，尽为奇技淫巧，背离圣贤之道，长此以往，国将不国！”
奏疏最后，发出了致命的呐喊：“沈渊不去，则朝纲不振，国无宁日！臣等伏乞陛下，顺应天意民心，即刻将沈渊明正典刑，罢除一切苛政，还天下以清平！”
这份奏疏，如同一声惊雷，彻底将暗流推到了明面。它几乎汇集了所有能攻击沈渊的罪名，从权力到道德，从军事到文化，旨在将沈渊彻底妖魔化，逼迫崇祯在“天下民心”与沈渊之间做出选择。
压力，如同沉重的山岳，瞬间压到了年轻的崇祯皇帝肩上。
他能“听”到，这份奏疏背后，是盘根错节的庞大利益集团孤注一掷的呐喊。他知道，最终的摊牌时刻，到了。
西暖阁内，烛火摇曳。
朱由检看着那份墨迹淋漓的奏疏，久久不语。
沈渊静立一旁，同样沉默。空气凝固得仿佛能滴出水来。
“先生，”良久，朱由检抬起头，眼中布满了血丝，声音沙哑而疲惫，“他们……要朕杀你。”
沈渊迎着皇帝的目光，脸上并无惧色，反而露出一丝淡淡的、近乎解脱的笑容。
“陛下，这一天，终究是来了。”
