七月，曾国藩整顿军队向东进军，收复了岳州。广东总兵陈辉龙率领的水军在城陵矶战败，褚汝航等将领阵亡。曾国藩坚持按兵不动。闰七月，塔齐布、罗泽南击败了陆上的敌军，持续向前推进。八月二十三日，终于攻克武昌。
十月十三日，湘军大败太平军于田家镇，详细战况均已呈报给朝廷。十二月份，水师攻破湖口敌军关卡，突入鄱阳湖，将敌船全部烧毁，但是驻扎在九江对岸的湘军大营遭到敌军小船偷袭焚毁，形势十分危急。
曾国藩激愤地说道：“朝廷重臣岂能受辱！”说完又想投水自尽。幕僚和亲兵强行搀扶他渡江，连夜进入罗泽南的军营。咸丰五年正月，他进入江西重新整顿水陆各军。太平军从长江北岸向上游进犯，武汉再次沦陷。
曾国藩在江西时，率领客军作战，屡遭挫败，军令难以贯彻，行动多受掣肘，曾上奏陈述“三难”处境。然而一听说太平军攻陷弋阳、广信，他立即派罗泽南等率军奋战夺回。七月攻克义宁后，又分兵进攻湖口。此时塔齐布在九江病逝，湖北战局日益危急。曾国藩再次调派罗泽南等赴援，与胡林翼会攻武昌，以挽救大局。
这年冬天，太平军首领石达开从崇通攻陷瑞州、临江，另一支从广东来的太平军与之会合。江西八府五十多个州县都被太平军占领，湖南与江西的文书传递也被切断。曾国藩于是从九江分兵救援吉安，自己则率领水师返回驻守南昌城外的赣江，当地官民都依靠他的军队来稳定局势。
咸丰六年春天，吉安被太平军攻占，周凤山在樟树镇战败，其他分兵攻打抚州、建昌的部队也未能取胜。当时军饷断绝，将士们饿着肚子辗转作战，却毫无怨言，这都是被曾国藩的忠诚所感召。同年七月，胡林翼派曾国华、刘腾鸿等率军支援江西，进攻瑞州。骆秉章派刘长佑等进攻袁州，派曾国荃进攻吉安，湖南与江西的通道这才打通。此时抚州陆军又遭失利，曾国藩便命令部队移驻贵溪，以保障浙江东部这条军饷运输线的安全。
咸丰七年三月，曾国藩因父亲去世回乡守孝。八年夏天，他再次奉命统率军队支援浙江。当时瑞州、临江、抚州、建昌等地都已被湘军收复。八月，曾国荃攻克吉安。曾国藩计划从建昌进入浙江。九年，他移驻抚州，攻克景德镇，不久接到入川的命令，途中经官文、胡林翼上奏请求，改为支援安徽，驻扎宿松，攻克太湖，这些战绩都详细记录在奏章中。到十年四月，他被任命为两江总督兼钦差大臣之后的事迹，何璟的奏报已经非常详细。而臣当时也由赣南道调任广东筹饷了。
臣私下认为，曾国藩见识坚定、毅力非凡，忠心纯粹、思虑周详，为人处世谨慎持重，这些品质早已为圣上所明察，何须微臣赘述？只是他前后经历的艰难困苦情形，并非奏章所能详尽描述，似乎可以将两份奏折内容合并，以供史馆采择参考。
臣听说曾国藩刚进入翰林院时，就与已故大学士倭仁、太常寺卿唐鉴、徽宁道何桂珍等人钻研程朱理学，注重克己修身，因此获益良多。面对国家危难，他毅然以天下为己任，不顾个人和家庭安危，将生死、祸福、得失、穷通置之度外。他最重要的品质在于以忠诚事奉君主，善于结交士人，能准确判断人才优劣，待人推心置腹，从不玩弄权术，所以人们都愿意为他效力。他过人的见识和魄力，在于能坚持己见，不被流言所动摇。进攻安庆、江宁时，他提出三路进军的策略；剿灭捻军时，他制定四面合围的战术，后来取得的成功，都源于这些决策。
他创建的水师，尤其能置敌军于死地。当时太平军从湖南流窜占据金陵后，将沿江船只尽数掳掠，凭借风势一日疾驰数百里，行踪飘忽不定。沿江各府县一日之内多次告急。自从曾国藩水师顺江东下后，每驻扎一处就能确保一方平安。当武汉再度沦陷时，胡林翼率领孤军困守城下，而太平军船只却不敢越过金口一步。汉口镇的商贸活动全部转移至新堤。曾国藩又筹办盐税厘金和捐输款项，用以接济军饷。
胡林翼多次上奏称赞，说曾国藩创建水师的功劳极其重大！正因他亲历其事，所以评价尤为深刻。后来曾国藩派罗泽南紧急增援武昌，当时江西四面受敌，自身都朝不保夕，但他通盘考虑天下大势，认为若不全力控制长江上游，就难以收复金陵。因此他亲自留守江西支撑危局，而派遣精锐部队进攻武昌。这种深谋远虑、公而忘私的品格，更是超越古人的地方。
曾国藩平定东南的功绩，尤其以经营武昌为关键所在。查罗泽南、李续宾、胡林翼、官文等人都已奉旨在湖北建立专祠。如今湖北百姓听闻曾国藩逝世，无不叹息感念，纷纷请求为其建立专祠以表崇敬。臣等建议请旨批准在湖北省城为曾国藩建立专祠，以顺应民意，彰显其忠诚。关于请求建立专祠及补充陈述其功绩以备史馆采择等事由，臣等会同湖北巡抚郭伯荫联名上奏，恭请皇太后、皇上圣鉴训示。谨此奏闻。
