九月十七日，又被钦点为顺天乡试复试的阅卷大臣。
道光二十九年（1849年）十月初四日，曾国藩被皇帝钦点为顺天武乡试较射大臣。此次武乡试分为四场比试，由王公大臣分别考核。经曾国藩考核录取的武举人共五十二名。
十月二十六日，他率领湖南籍京官上奏谢恩，为湖南水灾地区获得朝廷减免或缓征赋税的恩典。
道光二十九年（1849年），东南各省遭遇严重水灾，百姓饥荒，江南、浙江、湖北等地乡试被迫延期至九月举行。湖南新宁县匪首李沅发起兵作乱，杀害官员占据县城，并侵扰贵州、广西边境。太平天国起义的祸端也由此开始萌芽。
此前，江忠源在湖南原籍任职时曾擒获会匪雷再浩，后以知县身份调任浙江秀水县，负责赈灾和保甲事务，深得百姓爱戴。曾国藩听闻新宁叛乱后，担心匪徒会报复江忠源家人，便写信劝其弃官回乡应对家难。不久后叛军溃败逃散，江忠源一家最终安然无恙。
道光二十九年（1849年）十一月十五日，曾国藩接到祖父星冈公去世的讣告，随即请假两个月，设灵位服丧。星冈公于十月初四日去世，享年七十六岁，安葬于八斗冲，并将王恭人的灵柩迁来合葬。
十二月十一日，孝和睿皇后驾崩。曾国藩因礼部职责所在，未等丧假结束便立即入宫办理丧仪。在此期间，礼部其他事务他仍不予过问。
道光三十年（1850年），曾国藩四十岁。
正月十四日，道光皇帝驾崩，遗诏中列有四条谕令，其中包括不必举行郊祀配享、不必祔祭太庙两项。咸丰皇帝继位后，下令群臣详细讨论这些遗命并上奏意见。
正月十五日，奉移孝和睿皇后灵柩至漪春园暂安。
正月十六日，咸丰皇帝谕令群臣商议实行三年丧礼的具体事宜。
道光三十年（1850年）正月二十三日，咸丰皇帝召见曾国藩，咨询大礼仪制事宜。
正月二十六日，咸丰皇帝在太和殿举行登基大典，颁布即位诏书。
正月二十七日，王公大臣及九卿官员集体商议，复奏关于郊祀配享和太庙祔祭两项事宜。曾国藩专门上奏折陈述：对于遗诏中“不必祔祭太庙”一条，无论考据古制还是衡量今情，都万难遵从；对于“不必举行郊祀配享”一条，提出两点不敢遵从的理由和三点不敢违背的考量，奏疏分析极为明晰。时值新帝登基广施恩典，曾国藩被加封一级；他请求将封典推恩三代，皆获封荣禄大夫。曾国藩又将本人和妻子应得的封典转赠叔父母。
道光三十年（1850年）二月初二日，咸丰皇帝赐予曾国藩先帝遗物一件衣服和一枚玉佩。
同日，道光皇帝灵柩奉移至圆明园正大光明殿暂安。
二月初六日，咸丰皇帝下谕：“侍郎曾国藩所奏意见，颇有可取之处。其余京堂及科道等官员所奏，虽各抒己见，但多失于偏颇。所有奏折均着发还。钦此。”
二月初七日，咸丰皇帝召见曾国藩，曾国藩详细奏对，皇帝更加赞赏。
二月初八日，咸丰皇帝颁布上谕：“九卿科道等负有进言职责的官员，对于朝廷用人行政等各项事务，都应据实直陈，可密封奏章上呈。钦此。”
道光三十年（1850年）三月，曾国藩上呈应诏陈言奏折，其中写道：“用人与行政二者并重。然而各项政务已有既定法规，不可轻易更改。当前最应讲求的，只在用人一端。培养人才需要转移之道、培养之方、考察之法，这三者缺一不可。”
道光三十年（1850年）三月，曾国藩在奏折中继续写道：“皇上正值盛年，与圣祖仁皇帝当年讲学时的年龄相仿。臣建议在二十七个月服丧期满后，恢复每日进讲的制度，同时广开言路，通过臣僚的奏章来考察人才。”奏疏呈上后，咸丰皇帝下谕：“礼部侍郎曾国藩所奏用人之策，朕已详细阅览，其论述恳切明晰，切中时弊，深值嘉许采纳。”
道光三十年（1850年）三月，咸丰皇帝在谕旨中继续写道：“近日左副都御史文瑞、大理寺卿倭仁、通政使罗惇衍等人先后上奏陈述时事，朕已四次下旨嘉奖。其中通政副使王庆云、鸿胪寺少卿刘良驹及科道官员的奏折分别准予施行或交议。至于该侍郎（曾国藩）奏折中所提保举人才、广纳谏言等建议，朕已多次下旨明示，相信大小臣工必能竭尽忠诚，辅佐朕治理天下。”
咸丰皇帝在谕旨中继续写道：“曾国藩特别指出日讲制度是治国之本。当年圣祖仁皇帝即位之初，就命儒臣每日进讲，寒暑不辍。朕继承大统，日夜勤勉，仰慕先贤典范，自当效法实行。现决定在百日丧期结束后恢复日讲制度。相关衙门应依照旧例详议具体事宜，具折上奏。钦此。”
四月初四日，曾国藩上奏：“入春以来降雨稀少，农田急需灌溉，恳请设坛祈雨，以顺应天时、安抚民心。”
四月十二日，因孝和睿皇后神位升祔太庙的恩典，曾国藩呈请为自身及妻室请求封赠。
四月十五日，曾国藩的弟弟曾国潢来到京城，兄弟相见十分欢欣。当时曾国藩因公务繁忙无暇顾及家事，便将家务全权委托弟弟处理。
四月十九日，曾国藩前往淀园，恭送孝和睿皇后灵柩奉安昌陵。
四月初四日，曾国藩再次上奏补充日讲制度的具体实施细则，共列十四条。奏折详细规定了讲官人数、进讲地点、讲习书目、进讲方式，以及讲官礼仪制度等各项内容。这些条款均经过仔细考证，参考了圣祖皇帝御制文集、《会典》和国史列传等典籍。奏折在确立日讲制度基本框架的同时，既体现了辅佐圣学的宗旨，又贯彻了培养人才的意图，与其前次奏疏的主旨一脉相承。
四月十二日，因宣宗成皇帝神位升祔太庙的恩典，曾国藩获加二级官衔，并获准追封三代祖先，皆封赠光禄大夫衔。曾国藩仍将本人及妻室应得的封典转赠叔父母。
四月十七日，曾国藩被钦点为会试复试阅卷大臣。
四月十九日，曾国藩迁居至贾家胡同南头路西宅院。
