而到了元朝之际，元朝凭借其强大的军事力量，特别是骑兵力量（骑兵更适合在青藏高原作战），首次将西藏正式纳入中央行政管辖。确立了一种开创性的模式——主权与宗教笼络并行。
首先就是中央设立宣政院，直接管理西藏事务，相当于今天的“民族事务委员会”。然后元朝皇帝册封西藏萨迦派领袖八思巴为“帝师”，并将西藏地方的行政权力授予萨迦派。这是一种“政教合一”的间接统治模式。
中央授予权威，地方宗教领袖具体管理，并向元朝效忠、纳贡。元朝开创了中央政权通过册封和认可当地宗教领袖来统治西藏的模式，为后世明清所继承。
明朝继承了元的册封制度，但册封的对象更加分散，如“大宝法王”、“大乘法王”等，对西藏的控制力相比元朝有所减弱，但主权关系得以延续。
直到清朝，对西藏的控制达到了古代王朝的顶峰。封达赖、班禅——清廷正式确立了册封达赖喇嘛和班禅额尔德尼的制度，他们的合法地位必须由中央皇帝确认。
雍正时期起，中央直接派遣驻藏大臣，与达赖、班禅共同治理西藏，代表中央行使主权，监督西藏政务。另外，清朝多次派军入藏平定准噶尔蒙古的入侵和内部叛乱，有力地维护了西藏的稳定和主权。
所以，中国古代封建朝廷并非没有“占领”西藏、青海，而是基于客观条件和成本效益分析，选择了一套 “因地制宜”的治理模式：
因为自然条件恶劣，经济上不划算，就不追求直接开发西藏等地区，而是采用间接统治，通过册封、认可当地宗教和政治领袖，建立一种效忠中央的宗藩体系。
核心目标是确保西藏等地在政治上的归附，承认中央的宗主地位，维持边疆稳定，而非将其变成和内地一样的行省进行经济开发。
