凌采臣帮余小倩转世后，怀着无尽思念继续漂泊。一日，他走进一座寺庙暂歇，却撞见神色慌张的傅青璃、傅月娇姐妹和她们的父亲。交谈中得知，傅家因不满朝廷奸臣当道，仗义执言，竟被污蔑为乱党，遭官兵追杀，只能四处逃亡。凌采臣心生怜悯，又忆起往昔与小倩共度的患难时光，当下决定相助，带着他们逃到一座破庙。
破庙中蛛网横生、阴森寂静，几人刚喘口气，夜幕便悄然降临。突然，破庙外传来阵阵诡异的呼啸，紧接着一群身形扭曲、面容狰狞的妖物破门而入，正是树妖姥姥的手下。这些妖物张牙舞爪，瞬间将众人团团围住。凌采臣握紧手中书卷，那是他在兰若寺时燕赤霞所赠，上面记载着一些降妖之法；傅青璃和傅月娇虽为女子，却也毫不畏惧，各自抽出短刃防身；她们的父亲虽年迈，眼中却透着坚毅。
一番激烈打斗后，凌采臣发现这些妖物行动间竟带着与朝堂相关的神秘指令痕迹，心中一惊，意识到此事绝不简单。在击退一波攻击后，他故意引着一只妖物逼问，才得知背后主使与朝廷中的国师有关。原来，国师心怀不轨，利用妖术迷惑皇帝，把控朝政，还暗中豢养妖怪，妄图修炼邪术，以达长生不老、掌控天下的目的。
为了揭露国师的阴谋，拯救天下苍生，凌采臣与傅青璃等人商议后，决定前往京城。一路上，风餐露宿，危机四伏。一天，他们在山林中遭遇一伙强盗，强盗们见傅家姐妹美貌，欲行不轨。危急时刻，一个爽朗的声音传来：“光天化日，竟敢如此放肆！”只见一位身着道袍，手持拂尘的年轻道士出现，三两下便将强盗击退。此人名叫知秋一叶，是燕赤霞云游时收下的徒弟，虽道法尚未大成，但为人古道热肠，听闻众人要去京城揭露国师阴谋，便决定同行相助。
终于抵达京城，城中表面繁华热闹，实则暗流涌动。几人多方打听，得知国师正在筹备一场盛大的法会，据说要为皇帝祈福，庇佑江山社稷。凌采臣等人却敏锐察觉，这场法会恐怕就是国师完成邪术的关键。法会当日，他们乔装打扮，混入人群。只见法坛之上，国师身披华丽道袍，念念有词，周围的信徒们虔诚跪拜。然而，随着法会推进，空气中渐渐弥漫起一股诡异的气息，天色也逐渐暗沉，隐隐有血光闪现。
凌采臣等人找准时机，突然发难，冲向法坛。国师见状，恼羞成怒，露出狰狞面目，瞬间化作一只巨大的蜈蚣精，张牙舞爪地扑向众人。蜈蚣精的每一次攻击都带着强大的妖力，所到之处飞沙走石。凌采臣想起燕赤霞传授的法术，与知秋一叶配合，以符咒和剑气牵制蜈蚣精；傅青璃和傅月娇姐妹则从两侧攻击，试图寻找蜈蚣精的弱点。一时间，法坛周围火光冲天，喊杀声、法术碰撞声不绝于耳 。
凌采臣将余小倩的故事写成书卷在民间流传后，却因书中暗指朝廷腐败，被官府通缉，被迫踏上逃亡之路。在暴雨倾盆的荒野中，他意外闯入一座看似荒废的驿站，驿站内竟亮着昏黄的油灯，桌上摆着未动的酒菜，空气中漂浮着若有若无的腐臭味。
还未等他细究，驿站深处传来锁链拖拽的声响，几个身披蓑衣、面容惨白的“驿卒”缓缓走出，空洞的双眼直勾勾盯着他。凌采臣正要逃走，却见这些驿卒突然化作黑雾，凝成一张巨大的网将他困住。千钧一发之际，一道凌厉的剑光劈开黑雾，救下他的正是女扮男装、奉命追查父亲失踪案的傅青璃。而傅青璃的妹妹傅月娇，此刻正躲在暗处，用自制的火药弹震慑着残余妖物。
两人表明来意后，凌采臣发现傅青璃父亲失踪前最后奏折，正是弹劾国师普度慈航以修建道观之名，强征民夫炼制邪器。更诡异的是，那些失踪的民夫，在当地县志记载中竟都成了自愿“羽化登仙”之人。三人顺着线索追查，在一座道观遗址下，发现了数以百计的陶罐，每个陶罐里都浸泡着面色青紫、浑身布满蜈蚣状纹路的尸体。
正当他们震惊之时，大地突然剧烈震动，道观废墟中升起一座金光璀璨的法坛，普度慈航身披九爪金龙道袍，脚踏七星法步，缓缓现身。他随手一挥，那些尸体竟从陶罐中爬出，组成尸兵军团。凌采臣发现，这些尸兵行动的轨迹，与当年兰若寺树妖操控的鬼卒如出一辙。
逃亡过程中，三人偶遇了正在降妖的知秋一叶。这位燕赤霞的徒弟看似玩世不恭，实则心怀正义，他展示出燕赤霞留下的降妖图鉴，其中赫然画着一只千年蜈蚣精——此妖擅长以功德之名蛊惑人心，每逢乱世便化身国师，以活人血肉炼制“长生丹”，而炼制成功的标志，正是天空出现血色祥云。
众人赶到京城时，恰逢普度慈航为皇帝举办“封禅大典”。整个皇宫被妖雾笼罩，御林军的瞳孔泛着诡异的紫色，如同行尸走肉般守卫各处。当普度慈航摘下道冠，露出头顶密密麻麻的触须，彻底现出修行千年的蜈蚣精真身时，其庞大的身躯竟将大半个皇宫都笼罩在阴影之下，它张开布满獠牙的巨口，扬言要将整个京城化作炼丹炉，场面恐怖至极 。
左千户和傅青璃傅月娇凌采臣几个人来到普度慈航的地方发现里面的官员都只剩下一副骨头架子和皮囊？
左千户、傅青璃、傅月娇与凌采臣四人循着蛛丝马迹，终于找到了普度慈航的老巢。那是一座表面金碧辉煌，内里却透着阴森诡异气息的宫殿。踏入宫殿，一股刺鼻的腐臭味扑面而来，令人作呕。
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