短短数日，后宫因巫蛊案被杀者数百人。江充趁机将矛头指向太子刘据，暗中指使方士禀报：“东宫蛊气最盛，远超后宫，恐太子有不臣之心。”汉武帝虽未全信，却也心生疑窦，命江充“入东宫查验”。此时汉武帝正在甘泉宫养病，与长安隔绝，太子无法当面辩解，陷入被动境地。
太子刘据是汉武帝与卫子夫的长子，自幼受儒家教育，性格仁厚，与汉武帝的强硬风格截然不同。他多次劝谏汉武帝“停止征伐，与民休息”，得罪了不少主战派大臣；又因处理江充党羽而与其结怨。江充深知，若太子继位，自己必无好下场，因此必欲除之而后快。
江充率人闯入东宫时，太子正在与太傅石德研读《春秋》。方士们在东宫四处挖掘，故意将事先准备好的桐木人偶埋在太子寝宫地下，随后“当众挖出”，大喊：“太子行巫蛊诅咒陛下，证据确凿！”太子又惊又怒，欲亲自前往甘泉宫向汉武帝辩解，却被江充的人阻拦。
太傅石德劝谏太子：“公孙贺父子、卫氏外戚皆因巫蛊被杀，如今江充栽赃陷害，若不反击，必步其后尘。可矫诏逮捕江充，查清真相再向陛下请罪。”太子犹豫道：“擅动兵马是谋逆大罪，不妥。”石德叹息：“太子难道忘了秦扶苏的教训吗？”这句话点醒了太子——汉武帝年迈多疑，若江充先恶人告状，自己必死无疑。
此时，江充已派人快马前往甘泉宫，诬告“太子得知巫蛊事发，欲起兵叛乱”。太子得知消息，知道再无退路，只得决定起兵。他派舍人持符节前往未央宫，向卫子夫皇后禀报情况。卫子夫虽忧心忡忡，却深知儿子处境危急，下令打开长乐宫武库，发放兵器给太子，并调动宫中侍卫与长安官署的士兵，支持太子清君侧。
长安激战：五日血战与宫城喋血
征和二年秋，太子刘据在长安矫诏起兵，以“清君侧、诛江充”为名，揭开了长安血战的序幕。他首先率军突袭江充府邸，将江充及其党羽一网打尽。在东宫前殿，太子亲自监斩江充，怒斥：“你这奸贼，构陷忠良，今日我为大汉除害！”随后将那些“识蛊气”的方士烧死在上林苑，试图销毁罪证。
但江充的党羽苏文逃脱，直奔甘泉宫向汉武帝报信：“太子已反，杀江充，欲攻陛下！”汉武帝起初不信，派使者前往长安召太子前来问话，使者却因胆怯未入城，谎称“太子确已谋反，欲杀臣”
