剿灭了几座山寨和村落之后，官军凶残好杀的名声迅速传遍了永宁及其周边各地，百姓无不胆战心惊。
只要看见官军的旗帜，各地头人百姓无不俯首听命，无人敢有违抗之举，因为稍有迟疑或耍小手段的，都已经成了刀下亡魂。
接着明军全面接管了所有地区和村寨，凡有人烟聚集之处，皆有明军驻守看管，层层布防，严密控制，毫无疏漏。
但这不过是表面说辞罢了。忠臣还是叛贼，其实全凭朱由校一句话定夺。
若只是为了打仗，剿灭一个奢崇明，他又何必亲自赶来此地。
真正意图在于土司改制，推行改土归流，只有如此，才能打破根深蒂固的等级制度，解救底层百姓脱离苦难。
西南地区大小土司，少说也有六七百之多，不杀几个典型，抓几个首恶，这改土归流便难以推进。
全面掌控永宁宣慰司之后，随即展开了一次简要的人口清查，发现十几万黑户与隐户，还有数量庞大的奴隶。
这些人从未在地方官府或户部的名册上登记，仿佛从未存在于世间一般。
这是历代封建王朝的顽疾，几乎每个朝代都存在类似情况。
朱由校特地调遣成都的官员来到永宁，着手为这些人口重新登记户籍，并从缴获的粮草中拨出一部分先行供给，以稳住局势，防止生乱。
待四川局势彻底稳定之后，便开始分配田地与房屋，正好从土司手中收缴了大量土地，正需人来耕种经营。
朱由校将永宁宣慰司下的各土司首领召集一处，却没有立刻采取任何措施。
也没有宣布改土归流的计划，只是简单见了一面，便将他们集中看管起来。
此时他另有要事在身，那便是出兵平定贵州安氏之乱，这是一块难啃的硬骨头。
不论实力还是根基，安邦彦都远胜奢崇明不知多少。
他不敢有丝毫懈怠，留下朱燮元与王平所率部队镇守永宁，自己则带领羽林军、秦良玉的土司兵，以及鲁钦统领的成都军队，共约五万人，迅速南下进入贵州平定叛乱。
此时贵州北部已然陷入混乱，安邦彦率先集结七万兵力进攻贵阳，没想到贵州巡抚李枟早有防备。
安氏连续猛攻数日，伤亡五千余人，贵阳城依旧坚如磐石，纹丝不动，只得愤然撤军，转而攻打其他州县。
贵州本地卫所兵难以抵挡，连战连败，只能困守城中，静待朝廷援军到来。
安邦彦趁朝廷注意力集中在奢崇明身上，大举出兵，攻城略地，占领多座城池。
贵州北部大片土地相继失守，安邦彦统率的军队竟膨胀至十三万人，声势浩大，整个贵州仿佛进入了一个新的局面。
李枟多次向邻省发出文书，请求派遣军队支援，以遏制局势恶化，避免陷入无法收拾的地步。然而，各省皆无动于衷，无人愿意出兵。他们给出的说法是，此事发生在贵州境内，应由贵州巡抚自行处理，与旁省无关。
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