红巾军经过一连串的大胜，在江南四处扩张，获得了大片领土，完全掌控了太湖流域。
红巾军掌控太湖流域后，并未止步于军事占领，而是迅速铺开全域治理框架——
朱鸣命胡惟庸、杨宪主理行政统筹，徐答、俞通海分管陆防水师方面的建设。
而李善长，负责统筹总体调度，统管江南地区的发展。
红巾军以“行政立基、军事固防、经济复苏”为核心，推动各领域同步推进，让太湖沿岸尽快恢复繁荣。
重建江南太湖流域的第一步，是行政体系的搭建与建设。
胡惟庸牵头，在常州设立了“太湖都护府行政署”，将六城划分为三级治理：
常熟、江阴、常州三地设府，统管周边县镇；
每府选派三名中央官员任知府、通判、推官，分别主民政、财税、司法等行政管理权力。
除此之外，要求官员需在半月内完成属地调研，不得久坐衙署，防止形成地方势力。
杨宪则推动户籍与田亩清查，统一印发“户帖”，推动户籍的清查管理。
“户帖”载明了人口、田产、职业，流民可凭“户帖”认领官田，得到登记并获得土地。
另外，旧佃户与地主的租约也需经官府核验，杜绝苛租。防止地主的恶性土地兼并。
至清查收尾，共登记民户四十六万、军户八万，厘清了无主田十二万亩，大量的百姓获得了土地耕种。
红巾军均按“每户三亩”标准分配给流民，将在战火中的流民全部得到了良好的安置。
红巾军同时建立了“粮册”，为后续赋税调整与粮食调配奠定基础。
行政建设推进后，红巾军军事防御的组建也在同步强化。
徐答按“沿湖布防、屯守结合”原则，在太湖沿岸设立了六处卫所。
福山、狼山卫扼守长江口，宜兴、吴江卫控制太湖西、南岸嘉兴、采石矶卫衔接外围防线，
这些卫所，每卫驻兵五千多人其中七成分派屯田，三成专注于操练，兵农合一守卫当地。
兵士开垦的军田统一由卫所管理，统一管理军田的收支。
收成除留足士兵收入的军粮，剩余部分上交都护府，既减轻军需压力，又补充地方粮库。
水师方面，俞通海将缴获的三百艘战船与原有战船整合，挑选二百艘舰船改造为“楼船”“快船”——
楼船加装三层炮位，用于正面防御和主力作战；快船轻便灵活，负责巡逻与突袭。
这些船只都由应天的造船厂
同时，廖永安从渔民中招募2000名水手，分批次开展“水战阵法”的训练。
每日在太湖操练“一字阵”“合围阵”，确保航道安全，震慑张士诚残部。
手工业与商业的快速复苏，也同样是红巾军在江南地区的治理重点。
在手工业领域上，官府针对常州丝绸、江阴铁器、常熟棉纺三大产业出台扶持政策：
常州丝绸工坊推广双踏板织机，官府提供百分之五十的织机改造补贴。
同时红巾军统一了染料标准，制定“六色样卡”，规范产品质量；
