旨意严令，辽东军须配合朝廷政策，“力行坚壁清野之策”。动员辽东百姓、军户，“悉数内迁”，由朝廷提供路费、安排田地，安置于气候较温暖的河南、山东乃至江淮等人烟相对稀少的地区。同时，“带不走的粮秣、房舍，尽数焚毁，井渠填塞，勿以粒米资敌。”
这是一招狠棋，旨在极大增加后金占领辽东后的统治成本，削弱其战争潜力，使其即便得到土地，也是一片白地，难以立即利用。
四、倚重辽人，收缩防线
对于剩下的辽东本地军队，文书提出了“以辽人守辽土”的策略。敕命熊廷弼“尽收散勇之兵，汰弱留强”，将兵力集中收缩于辽阳、锦州、宁远等坚城，并赋予其临机决断之权——“若事不可为，沈阳亦可暂弃，务求保全兵力为上”。这给了熊廷弼极大的指挥灵活性，避免了分兵把守、被各个击破的命运。
五、开辟海上战线，强化后勤与牵制
旨意的另一大亮点是起用熟悉火器的孙元化，任命其为登莱巡抚。以其精干的才能和福建水师为基础，“督练水师新军，造舰船，兴海运”。其任务不仅是保障辽东半岛及皮岛毛文龙部的后勤补给，更要在未来“伺机跨海出击，扰敌侧后”，开辟第二战场，对后金形成战略牵制。
六、锐意革新，器利兵精
最后，旨意着眼于未来，指示工部辅臣徐光启，总管军器制造与研发。“着其于西山设军器监，广募工匠，乃至泰西技师，加紧研制红衣大炮、自生火铳等利器。” 甚至特别批示，“若自铸不及，可不惜重金，从澳夷（葡萄牙人）或南洋购求新式火铳、火炮，务求速成战力。”
这一系列环环相扣的部署，构成了一幅全新的防御与改革蓝图。它不再头痛医头、脚痛医脚，而是试图从战略思想、军队结构、后勤保障、技术装备等多个层面进行系统性调整。
然而可惜的是这份旨意虽然是以密旨的形式交给熊延弼，可是三天之后关内关外就传的沸沸扬扬，很显然此时的明朝无论是朝堂内，还是在辽东前线，都被渗透的如同筛子一样。
朱一凡为此大发雷霆，敕命锦衣卫在辽东设立军情处，专司情报收集，铲除内奸以及策反敌方等任务，并特批白银20万两暂用。
朱一凡就不相信一个个小小的努尔哈赤其财力能够同大明进行对比。
情报战也有可能在关键时刻决定一场战争的胜负。
