军事内阁的成立，如同为大明这台庞大的战争机器注入了全新的灵魂和高效的中枢神经。
朱常洛终于可以从繁琐具体的军务中抽身，将更多精力投入到更宏观的国策制定和推动其他领域的改革上。他只需要在军事内阁会议上提出战略方向和要求，例如“强军”、“革新装备”、“优化编制”，孙承宗、袁可立、秦良玉等人便能迅速领会圣意，组织相关人员进行详尽的论证，并拿出切实可行的方案供他决策。朱常洛的角色，更多地转向了最终拍板者以及协调各方资源、确保政令畅通的保障者。
军事内阁运转后的第一项重大举措，便是秉承朱常洛“总结得失，以利再战”的旨意，组织所有参与蓟州之战的将领、中层军官乃至有经验的老兵，进行了一场规模空前的战后大总结。会议在严肃而务实的气氛中进行，摒弃了过往文过饰非的陋习，直面问题，畅所欲言。
数日后，一份厚实的《蓟州战役得失总结及军备整饬建言》奏章，摆在了朱常洛和全体军事内阁成员的案头。奏章首先肯定了新式火器的巨大作用，明确指出“火炮轰鸣，火枪齐射，实乃此役制胜之关键”，但随之而来的，是一连串尖锐而具体的问题：
一、火器虽利，弊病亦多。
火枪：配备数量仍显不足，未能完全形成持续火力密度；射速偏慢，面对高速冲锋之敌仍有压力；有效射程较近，尤其对披挂三重重甲之八旗白甲兵，穿透力不足，往往需近至数十步内方能破甲；连续射击后枪管过热，易变形甚至炸膛，影响作战持续性。
火炮：红夷大炮等重型火炮威力巨大，但过于笨重，机动性差，难以跟随部队快速转移，尤其在追击战中往往掉队，导致火力支援中断。
建言：恳请陛下督饬皇家制造局、西山兵工厂，集中工匠之力，着力研发射速更快、射程更远、破甲能力更强之新式火铳，并改进冶炼工艺，提升枪管质量，解决过热问题。同时，需大力提升火器产量，尽快实现全军普及，并研发更轻便、适于野战伴随之火炮。
二、机动不足，追歼乏力。
此役追击阶段，虽有关宁铁骑，然步兵及炮兵主力，尤其是满桂、冉见龙部，因缺乏足够驮马及车辆，行军速度缓慢，导致合围迟缓，未能将努尔哈赤残部全歼于喜峰口内。后勤辎重运输亦严重依赖畜力，效率低下，制约大军持续作战能力。
建言：亟需扩充官营马场，鼓励民间养马，多方筹措战马。同时，工部应研发、制造更多适用于山地、丘陵地带的运输车辆，提升后勤保障及部队战略机动能力。
三、旧军臃肿，亟需革新。
原蓟州镇边军、各地卫所兵，不仅战斗力低下，临阵畏敌，且空耗巨额粮饷，已成财政沉重负担。卫所制度败坏，军户困苦，逃亡甚众，名存实亡。
建言：择内地数省先行试点，对卫所制度进行彻底改革。解放原军户，允许其转为民籍，择业谋生。撤销冗余卫所，保留要害之地之卫所，但其职能转为维持地方治安、缉捕盗贼、巡逻关卡等，不再以对外征战为主要任务。卫所兵员改为募兵制，确定员额编制，饷银由户部统一核定、拨发，杜绝克扣，并加强训练，使其成为可靠的后备力量与治安部队。
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