紫禁城内，锦衣卫指挥使骆思恭，新任东厂提督太监魏忠贤。（注：虽然朱常洛一直安排魏忠贤在外面为他挖金矿，可是由于他干活卖力，再加上王安精力有限，所以朱常洛不得不把魏忠贤调回来当东厂提督。而对付这些官员们，魏忠贤自然是行家里手，轻松拿捏。更重要的是长期负债挖金矿的魏忠贤，如今已经看过太多太多的金银了，所以并没有太多贪腐的欲望。）
来自山东、湖广、浙江、陕西等多地的密报不断地被送往京师。
骆思恭与东厂提督太监魏忠贤，拿着那些妄图反抗吏员改革的知府和县令们名单，逐条向朱常洛汇报：
“山东济南府下辖林县令，密会师爷，意图消极怠工，对抗新政。”
“湖广周正德，与其钱粮师爷密谋暗中掣肘。”
“浙江王焕之，试图鼓动胥吏联合抵制，未果。”
“陕西赵奎，胆大包天，竟欲煽动民变！”
……
一条条罪证清晰，人证物证俱在。
“动手吧！务必迅雷不及掩耳，以儆效尤！”朱常洛在听到两人的密报后，没有任何犹豫的直接下令，要把动乱趁早扼杀在萌芽阶段。
于是泰昌元年十二月中下旬，一场席卷数省的抓捕行动悄然展开。
东厂番役和锦衣卫缇骑四出，如鹰隼扑兔。山东林县令及其师爷在县衙后宅被直接从被窝中拖出；湖广周正德与钱粮师爷在密室中被堵个正着；浙江王焕之虽未直接行动，但其“鼓动”言行证据确凿，亦被锁拿；陕西赵奎及其核心幕僚更是被一网打尽，连试图传递消息的机会都没有。
这些官员被东厂和锦衣卫迅速押解进京，投入诏狱或刑部大牢。案件依旧交由刑部、都察院、大理寺三法司会同锦衣卫、东厂进行审理。在铁证面前，无人能够狡辩。
泰昌二年元月，判决下达。鉴于此事关乎新政推行，皇帝朱常洛对此案异常关注，亲自批示：“新政乃国本，阻挠者，罪同谋逆！”
最终，陕西知州赵奎因罪证最为严重（意图煽动民变），被判斩立决，家产抄没，家眷流放三千里。山东林县令、湖广周正德、浙江王焕之等多名县令、知州，均被革职罢官，判流放充军，遇赦不赦。其参与密谋的师爷、幕僚等，亦受到严惩，或流放或监禁。
朝廷通过邸报明发天下，详列诸人罪状及惩处结果，并再次严申推行新政之决心，警告任何敢于阻挠者，必将严惩不贷！
这场迅疾而残酷的清洗，如同一声惊雷，彻底震醒了所有还在观望或心存侥幸的地方官员。同时也让他们明白自此以后他们手下的吏员将不再是他们的私人奴仆，而是属于大明朝廷的吏员。
此后、虽然吏员们的升迁赏罚在名义上都还是由县太爷们所管辖，但他们已经无权（不需要理由）随意开革任何一名自己手下的吏员，更无权像从前一样把吏员当做自己的奴仆随意的打骂侮辱。（当然不包括那些犯贱主动谄媚上司，甘愿当上司奴仆，想要获得升迁的吏员们。）
在东厂和锦衣卫的严厉打击下，那些手握实权的县太爷们也终于明白，皇帝改革的意志坚如磐石，任何试图挑战的行为，都将付出惨重的代价。
他们也不得不开始有所收敛，从明面上的对抗转为暗地里的消极对抗。
不过也有一大批自认为聪明的县令们，他们直接利用手中的权力把同他们关系好的师爷和吏员安排进入县衙，让他们领皇家的俸禄，而他们自己则可以省下一大笔发俸禄的费用。
但是朱常洛又怎能让他们如意呢？
