不久，一代名将陶侃出镇荆州。这位以“惜分阴”闻名的刺史，同样将农业生产置于重要地位。史载陶侃“勤务稼穑，虽戎陈武士皆劝厉之。是以军民勤于农稼”。在他的倡导与督促下，即便是军营中的武士，也都积极投身于农耕。
其结果是，荆州地区“百姓勤于农殖”，呈现出军民并耕、共同发展的繁荣景象，军屯与民屯相互促进，使得荆州的经济实力与军事实力都得到了显着增强，成为东晋在长江中游的坚固屏障。
晋成帝时期，北伐的呼声再起。荆州刺史庾翼肩负重任，率领四万大军从武昌移镇襄阳，积极准备北伐。他深知粮草为三军之命，遂命其子庾方在襄阳“缮修军器，大佃积谷”，大规模地开展军屯，积蓄粮食。襄阳一带的军屯，不仅为庾翼的北伐之师提供了坚实的物质基础，也进一步巩固了东晋在汉水流域的统治。
岁月不居，时节如流。晋穆帝永和年间，北伐的号角再次吹响。朝廷任命殷浩为中军将军，都督扬、豫、徐、兖、青五州军事，主持北伐事宜。殷浩积极响应，“开长江以西醪田千余顷，以为军储”。所谓“醪田”，便是焚烧野草，开垦荒地。为了筹措军粮，殷浩不辞辛劳，“沐雨栉风，广开屯田”，其艰辛可见一斑。
与此同时，他还命令部将荀羡率军“北镇淮阴，屯田于东阳之石鳖”（今江苏金湖、宝应一带）。石鳖地区水源充足，土地肥沃，荀羡在此大力兴修水利，推广屯田，成绩斐然，为东线的北伐军提供了有力的后勤保障。
至晋孝武帝时期，北方形势剧变，前秦苻坚在王猛的辅佐下，已基本统一了北方，国力日盛，对偏安江南的东晋虎视眈眈。时任荆州刺史的桓冲，深感苻坚南下的威胁迫在眉睫。为了加强长江中游的防御，他将荆州治所从江陵移镇上明（今湖北松滋西北），并下令麾下士卒在长江北岸积极开展屯田。
北岸的屯田，不仅是为了生产粮食，更具有重要的战略预警意义，一旦前秦大军南下，屯田的士卒可以就地组织防御，为后方争取宝贵的时间。
东晋末年，权臣刘裕（即后来的宋武帝）执掌朝政。他目睹了当时屯田制度中可能存在的一些弊端，为了整顿吏治，增加军国收入，下令“州郡县屯田池塞，诸非军国所资，利入守宰者，今一切除之”。
这道诏令的核心在于厘清屯田的性质与收益归属，将那些并非为军国所需，而是被地方守宰（即地方官）中饱私囊的屯田及池塘、边塞之利，全部予以废除。这从一个侧面反映出，到东晋末年，除了荆州等传统屯田区外，其他州郡县的屯田数量亦不在少数，只是其中可能混杂了一些以权谋私的灰色地带。刘裕此令，意在纯洁屯田制度，使其回归“军国所资”的本质，确保国家能够有效地掌控和利用这些重要的经济资源，为他后来的北伐和代晋建宋积累了雄厚的物质基础。
东晋一朝，自元帝至末帝，历时百有余年，其间军屯事业虽时有兴废，规模亦有大小，但总体而言，始终是朝廷倚重的重要经济政策和军事策略。从长江上游的益州，到中游的荆州、襄阳，再到下游的江淮、淮阴、石鳖，乃至黄河以南祖逖收复的故土，军屯的身影无处不在。
它不仅在很大程度上解决了东晋军队的粮食供应问题，支持了多次北伐行动，更在客观上促进了南方地区的土地开发、人口增长和农业技术的进步，为中国经济重心的南移奠定了初步的基础。这些散布在大江南北的军屯据点，如同一个个坚固的堡垒，以其产出的粮食和培育的兵员，共同构筑起了东晋王朝的经济长城，使其在风雨飘摇中得以存续，并为中华文化的薪火相传做出了不可磨灭的贡献。
