首先是“杂调”繁多。这是东晋赋税制度中最为混乱且扰民的部分。所谓“杂调”，顾名思义，就是正税之外的各类临时性、地方性摊派，种类繁杂，数不胜数。
例如，为了满足皇室和各级官府的需求，有“赀调”，即依据民户财产（赀产）的多少来征收财物；有“塘丁税”，这是江南地区特有的税种，因江南水多，需修建塘堰以防范水旱灾害，故而征收此税，最初是“计亩收税”，后来演变成无论有无土地，但凡居住在塘堰附近的人都需缴纳的税目，甚至出现了“陂塘之税，亩收十钱”的记载；还有为了应对军事需求而征收的“军粮米”“戎杖”“装具”等，不一而足。
这些杂调往往是临时加派，一事一征，却常常演变成经常性的负担，致使百姓“力役无休，征求日重”。
其次是徭役的繁重。东晋时期，由于战争频繁，军队调动、运输粮草、修建城池宫室、治理河道等，都需要大量劳动力。因此，徭役征发十分频繁，服役期限也常常被无限延长。
当时的徭役种类多样，包括“兵役”“力役”（如筑城、修路、运粮）“匠役”（为官府手工业作坊服役）等。按照制度，男子十六岁至六十岁为正丁，需服徭役。但在实际执行过程中，往往出现“或征发良民，使其沦为奴婢；或有人在道路上号泣，逃亡叛离”的情况。甚至出现了“冤屈滥征之家，免除徭役过多；愁苦穷困之户，役赋负担更重”的现象。
豪强士族之家的依附人口，如佃客、部曲等，往往能够凭借其主人的势力免除徭役，而普通自耕农则成为徭役的主要承担者。繁重的徭役使得农民无法安心耕种，田园荒芜，家破人亡的情况比比皆是。
除了上述主要税种和徭役外，东晋还有各种名目的“附加税”和“摊派”。例如，买卖田宅、奴婢、牛马等，要缴纳“散估”，税率为百分之四，买卖双方各承担一半，类似于后世的交易税。凡是有市籍的商人，要缴纳“市租”。甚至连渔民在江河湖泊捕鱼，也要缴纳“鱼税”。政府还常常以“和市”“和籴”为名，低价强行购买百姓的粮食和物资，名义上是交易，实际上是掠夺。
东晋赋役制度的繁杂苛重与混乱，根源在于其政权结构的脆弱性和士族门阀的强大。朝廷为了维持统治，不得不对士族做出妥协和让步，将赋役负担尽可能地施加在无权无势的普通百姓身上。
这种竭泽而渔的政策，虽然在短期内或许能够缓解财政危机，但却严重地破坏了社会生产力，加剧了阶级矛盾和社会不公。大量自耕农不堪重负，纷纷破产，或沦为士族豪强的佃客、部曲，或弃家逃亡，成为流民。这又进一步 此举导致国家掌控的户口数量减少，财政收入来源枯竭，从而形成了恶性循环。
相较于曹魏时期曹操推行屯田制时“佃户亦可免除徭役”“田租并不算重”的政策，东晋的赋役无疑是历史的倒退。这种繁重苛刻的赋役，不仅未能使国家走向强盛，反而让东晋王朝在偏安的时光里，始终笼罩着一股腐朽与衰败的气息，最终也为其覆灭埋下了伏笔。
江南地区本就富庶，然而在这种不合理的经济制度压榨下，其发展潜力遭到严重束缚，百姓生活苦不堪言。这一切，都为后来南朝时期的经济变革与社会动荡埋下了深深的隐患。
