洪承畴接到朝廷准其“犁庭扫穴”并拨付专项钱粮的旨意后，精神大振。
这位明末能臣，其能力在得到充足授权和资源支持后，开始淋漓尽致地展现。
他不再满足于被动追剿，而是采取了更为主动和系统的策略。
一方面，他利用朝廷拨付的“信用债”资金，联合部分陕商，在西安、延安等地设立“平准仓”，平价收售粮食，既稳定了粮价，安定了部分民心，也切断了流寇轻易获取粮食的渠道之一。
另一方面，他严格整肃麾下官兵，斩杀了两名纵兵抢掠的千总，重申军纪，并利用沈渊推广的“标准化”理念，优先为嫡系部队更换、补充了制式火器，提升了装备水平。
在军事上，洪承畴改变了以往分兵把守、被动应敌的做法。
他准确判断出李自成、张献忠等部虽合流，但内部派系林立、指挥不一的弱点。
他集中优势兵力，采取“猛虎掏心”战术，不再纠缠于小股流寇，而是以精锐骑兵为前锋，步卒跟进，利用内卫提供的情报（沈渊早已将陕西内卫侦知的流寇活动规律及主要头目信息共享给了洪承畴），长途奔袭，直扑李自成、张献忠的老营。
崇祯三年夏，洪承畴部将曹变蛟率铁骑突袭延安府甘泉县，大破张献忠部，迫使其残部南窜入川。
秋，洪承畴亲率主力，于庆阳府一带咬住李自成部，激战数场，虽未能将其全歼，但也重创其主力，李自成仅率少数亲信逃入商洛山中隐匿。
陕西境内的大股流寇之患，暂时得到了遏制。
洪承畴在报捷奏疏中，再次肯定了“以工代赈”和番薯推广在稳定后方、减少流民来源上的作用，并请求将此法在陕西常态化。
他的成功，不仅稳固了西北边陲，更在客观上为沈渊的新政提供了来自军方前线最有力的支持。
洪承畴的捷报，让朝中守旧势力企图利用陕西乱局扳倒沈渊的图谋彻底破产。
他们意识到，直接攻击沈渊个人，在拥有“读心术”且态度日益坚定的皇帝面前，难以奏效。
于是，他们的策略开始转变，从针对个人的攻讦，转向对改革制度本身的质疑和阻挠。
这一次，他们选择了沈渊改革中看似最“温和”，实则影响最深远的领域——皇明格物院。
以翰林院一位资深讲官为首，数名清流官员联名上疏，不再空谈“奇技淫巧”，而是引经据典，从儒家正统出发，对格物院的“合法性”提出质疑：
“陛下，治道在明人伦，格物致知，原为修身正心之阶，非为钻研机巧之途。今格物院所为，舍本逐末，专务器数，长此以往，恐士子趋利忘义，工匠恃技傲物，礼崩乐坏，圣学不彰！请陛下明诏，限定格物院仅为翻译西书、考据古籍之所，不得妄言创新，更不得以官爵俸禄引诱士人沉溺此道，以维世道人心！”
这一攻击，更为阴险。
它不再纠缠于具体事务的对错，而是上升到“道统”之争，试图从根本上否定科技探索的价值，将格物院限制在故纸堆里。
与此同时，在具体事务上，阻力也以更隐蔽的方式出现。
工部在拨款给“军械司标准化实验局”时，开始以“库银紧张，需优先保障陵寝修缮、百官俸禄”等理由拖延；漕运系统对登莱水师请求协助进行“海运漕粮试验”的公文，则采取“研究研究”、“条件不成熟”等官僚手段进行软抵制。
面对这种更高级别的阻击，沈渊的应对也更具策略性。
