二十日，刘松山率军抵达清江浦。
二十一日，曾国藩紧急上奏：捻军主力全部聚集于安徽境内，布政使英翰突围求援。寿春镇总兵易开俊眼疾加重，曾国藩拟亲自率领湘军前往临淮驻扎，就近指挥调度，并派刘松山兼统易开俊所部军队。奏折中重申此前规划的作战方案：在四省十三府州范围内，安徽以临淮为基地，河南以周家口为基地，江苏以徐州为基地，山东以济宁为基地。
在各战略要地驻扎重兵，储备充足粮草军械，一处遇敌，三处驰援，形成首尾呼应的态势，避免疲于奔命的困境，或许能以快速反应弥补行动迟缓，逐步取得成效。当前麾下诸将中，刘铭传、潘鼎新均具备独当一面的能力，张树声与周盛波两军联合可担当一面，刘松山与易开俊合兵亦可独当一面。
同时委派郎中李昭庆负责训练骑兵部队，与僧格林沁亲王旧部合编为机动游击部队。另上奏选派浙江运司李榕前往济宁，办理接收国瑞（僧格林沁）所部交接事宜，并调集亲王旧部骑兵赴徐州听候调遣。命令潘鼎新所部移驻济宁，协同李榕处理接管事务。
曾国藩在奏折附片中说明：接到朝廷谕旨，因陈国瑞与刘铭传曾发生械斗事件，命其审慎处理、妥善调派。目前刘铭传正率军赴皖北剿捻，应令陈国瑞暂驻河南境内，避免两军同处一地，以防各军内斗滋长。另在附片中详述总兵陈国瑞的优劣事迹，奏请朝廷下旨将其划归河南巡抚节制调遣。
当日，前次奏折经朝廷批复发回，奉到皇帝谕旨：“曾国藩因节制三省军务，责任重大，再次恳请收回成命，足见谦逊克己之心！但如今贼势猖獗，时局艰难，若事权不专，恐一切调度事宜难以令行禁止。该大臣应当勇担重任，与三省督抚和衷共济，限期剿灭捻匪。待三省军务平定，自可解除其节制之权。既担其实，不必避其名，切不可存有顾虑之心，再行推辞。钦此。”
二十二日，曾国藩从清江浦登船，改乘淮河船只。
二十六日，船队渡过洪泽湖。
二十八日，船停泊在五河县。曾国藩紧急上奏：安徽境内捻军猖獗，必须依靠骑兵才能取胜。请求将朝廷谕令拨交河南的马队共四百九十六人调往皖北协助剿捻。在奏折附片中再次陈述：自己精力衰退，军力薄弱，尚未卸任两江总督，又增加节制三省军务的重任，内心深感不安，如同背负重罪。恳请朝廷收回成命，只需责成其会办剿捻事务，定当全力配合，绝不推诿。若请求未获批准，将继续上奏陈情，甘愿承受朝廷责罚。
二十九日，曾国藩乘船抵达临淮关并在此设立军营驻扎。
当月，安徽雉河集之围解除，捻军逃窜至河南许州境内。湖北蒋凝学所率部队奉命调往甘肃，行进至襄阳时发生哗变溃散。
六月初六日，曾国藩对总兵陈国瑞的呈文作出批示，全文长达两千余字，既肯定其才能，又详细列举其过失。同时颁布四项禁令：一不得扰民，二不得私斗，三不得违抗军令。措辞严厉恳切，但陈国瑞在回复中表示难以完全遵从曾国藩的约束。
初八日，乔松年前来拜见曾国藩。初十日，曾国藩发布告示：“亳州、蒙城、宿州、永城四地民团，须区分良民与匪徒，凡擒获捻匪押送军营者，给予重赏。”并派遣专员会同地方州县，严查匪徒，就地正法。
十二日，曾国藩与乔松年联名上奏，报告援军大捷、雉河集解围之事。另在附片中专门奏报：拟将陈州府库存银二十万两，分别拨给江苏、安徽、河南各五万两充作军饷，其中李鸿章应得军饷部分，就近拨发刘铭传等部使用。
十三日，曾国藩移驻陆上军营。当时淮河水位暴涨，各营大多移驻南岸避水。曾国藩的军营仍驻北岸，修筑堤坝抵御洪水。
曾国藩的弟弟曾国荃奉旨出任山西巡抚。二十四日，朝廷谕旨下达：“曾国荃已授任山西巡抚，曾国藩应督促其尽心报效朝廷，尽快赴任，不得以病推辞。钦此。”
当月，捻军向西流窜至南阳、襄阳、陕西一带。
七月初八日，曾国藩上奏回复朝廷谕旨。奏折中称，雉河集解围后，捻军分两路向西逃窜。已下令调派刘铭传全军赶赴周家口，并增派马队协助作战。山东拨调的两支马队，因在曹南新遭挫败，人马疲惫，必须在徐州进行休整补充。
仔细分析敌情，发现贼寇已成流窜之势。若敌军流窜而我军也跟随流动，则只能尾随追击，处处被动。臣坚持原先策略，以固定驻防的军队，来牵制无固定据点的贼寇。现命令刘铭传驻守周家口，张树声驻守徐州，刘松山驻守临淮，潘鼎新驻守济宁。一旦贼寇来犯，便迎头痛击。
恳请朝廷下旨命令河南、湖北两省总督巡抚，在河南的巩县、洛阳、南阳、邓州，以及湖北的随州、枣阳、黄安、麻城等地，各自驻扎一支精锐部队，重点在于迎头截击，而非尾随追击，如此方能逐步控制局势。况且这股贼寇与一般流寇有所不同，他们在蒙城、亳州的老巢田产房屋尚在，贼众仍存眷恋之情。因此，臣既设法阻截其流窜之势，又准备清查整顿民间圩寨，以断绝其根源。
现将告示一道抄录呈请皇上御览。另上奏折称：徽州、休宁驻防军队因索要军饷发生哗变，已下令查办克扣军饷的营官和带头闹事的士兵，从严惩处。请求将唐义训、金国琛交吏部议处！皖南道张凤翥因处置失当，先行撤职。
同时上奏自请交吏部议处。另附片奏请委派吴坤修暂代皖南道一职。又上折奏称扬州防务已撤，所用漕折银两目前无力归还，请旨命户部暂缓催缴。此外，上奏感谢朝廷授予其弟曾国荃山西巡抚之恩，并说明曾国荃近日病情，不知是否痊愈，已恭录谕旨，快马传信家中，嘱其尽力报效朝廷。
十五日，接到圣旨：“曾国藩身为统帅，责无旁贷！此前多次谕令该大臣调拨一支军队兼顾山西省防务，并命刘铭传等部急赴河南省北路，绕至贼军前方，防止贼寇窜入陕西、山西。又令调派马队驰援河南助剿，后因贼军已远离徐州，命该大臣酌情前进驻扎。然而该大臣迟迟未作奏报，近来安徽、河南军情及各路军队如何部署均未陈奏，多次所奉谕旨也未回复，实属懈怠拖延。若想借故获罪，推卸节制三省的重任，如何对得起朝廷的信任？该大臣素来公忠体国，怎忍心如此行事？钦此。”
十八日，曾国藩渡过淮河，巡视刘松山统领的老湘军营寨。
二十三日，他视察凤阳府城防务，并前往明皇陵祭拜。
二十四日，曾国藩紧急上奏，就钦奉谕旨一事复陈奏折。奏折称：周家口地处要冲，八面受敌，最为关键。刘铭传谋略较优，兵力较足，因此将周家口防务重任交付于他。至于陕西、山西边境防线长达五百余里，实非该军所能全面防守，若调其西进，既无益于山西防务，又削弱河南兵力。况且湘军、淮军将士不习惯北方面食，军火器械运输也极为困难。
如今河南等省用兵作战，全不重视后勤转运，以致粮饷军械匮乏，将士都不肯尽力。近日在临淮关已委派编修张锡嵘招募淮勇，专挑能食用麦面杂粮之人，以备将来征剿西北之用。至于节制三省之命，臣已三次上疏坚决推辞。自思天资愚钝，即使一省之责已难胜任，但蒙受皇恩深重，虽数省军务也当通盘筹划。
捻匪流窜范围可达八省，皇上命臣兼顾山西防务，已超出节制三省之责。而朝野对臣的期望更不止于此，臣如何能承担如此重任？又如何能承受这般重责？恳请皇上敕令九卿科道及八省督抚共同商议剿捻事宜，各抒己见，恭请圣裁，制定不可更改的方略，实乃大局之幸！
至于臣不轻易上奏军情一事，早在同治元年就已具奏说明，至今仍保持这一做法。若想借故推卸责任，臣平生志向与所学之道，决不肯如此投机取巧。另在奏折中陈明：徐州镇总兵詹启纶、寿春镇总兵易开俊均因病请辞。恳请皇上简派贤能接任，以重军务。
另在奏折中弹劾总兵陈国瑞与已被革职的总兵郭宝昌，二人同任亲王军翼长，在曹南战役中未能救护主将，却受到不同处罚。现补参其罪，请撤销陈国瑞帮办军务之职，革除黄马褂赏赐，责令其戴罪立功，以示惩戒而观后效。另附密片陈奏：上月对陈国瑞的批文及其回禀内容显示，该员仍无诚心悔过之意，已将原批文抄送军机处备案。
另附片奏保总兵董凤高、李祥和二人，请补授徐州、寿春两镇总兵空缺。
当日，曾国藩上奏后，登船启程前往徐州。
二十六日，船停泊于泗州。
二十八日，上岸启程，夜宿灵壁县。
三十日，夜宿宿州。
当月，捻军流窜至湖北境内。
