曾国藩的弟弟曾国荃上奏推辞山西巡抚的任命。陈湜奉调入京，调任山西按察使，专门负责防务，并获准直接上奏。
八月初四日，曾国藩抵达徐州府。
初八日，专折上奏查明宁国府宣城县金宝圩殉难的士绅百姓，汇总案件列出名单，请求分别予以表彰抚恤。
十六日，出城检阅骑兵队伍，视察操练情况。
十七日，紧急上奏移驻徐州整编马队事宜。统计已抵达徐州的马队前后共有四批。已责令营务处李昭庆等人严格挑选兵员，编组队伍，配齐装备，更换补充马匹。其中老弱病残者一律遣返原籍。同时奏报捻军回窜安徽境内，已调派各军前往颍州会剿。另附片陈奏此次实际接收战马七百七十七匹，负责押运的官员异常辛劳，应请予以嘉奖。
二十四日，巡视张树声所部淮军的营垒防务。
二十八日，检阅淮军操演战阵之法。
本月，接连接到朝廷谕旨，命曾国藩移驻许州，统辖安徽、湖北、河南三省军务，居中调度。捻军首领任柱、牛洪、赖文光部已由颍州、陈州流窜至山东曹州，张总愚部仍盘踞在南阳一带。
九月初一日，紧急上奏刘铭传部连战告捷，捻军东窜曹州，战事重心转向山东。已调徐州全军赴山东会剿，调临淮军接防徐州，调周盛波部移驻归德。但因马队兵力不足，游击之师久未组建完成，自认尚无破敌良策。另附片奏报金国琛部士兵闹饷一案尚未审结，故其无法赴任甘肃巩秦阶道。又附片奏请湖北军务仍由官文全权节制调遣。
初三日，审核确定骑兵营的编制条例及步骑协同作战章程。
十五日，捻军攻破辛家寨，徐州进入戒严状态。
十九日，紧急上奏：接到朝廷谕旨，命李鸿章亲自率领杨鼎勋等部火速前往河南、洛阳一带，剿灭豫西的捻军，同时兼顾山西、陕西的门户防务。朝廷拟任命吴棠暂代两江总督，李宗羲、丁日昌依次代理漕运总督和江苏巡抚，并命臣迅速商议后回复。又接到谕旨，令鲍超率军赶赴河南，归臣统一调遣。
近日捻军向东逼近，距离徐州城不远，我军正全力防守东路，已调派郭松林、杨鼎勋两部在沂州、海州一带布防剿敌。若李鸿章前往河南、洛阳督师，则无其他兵力可调往西路。近来听闻福建、广东官军战果显着，太平军势衰，若改派鲍超前往河南，对河南战局将大有裨益。
至于李宗羲、丁日昌暂代封疆大吏之职，恐怕提拔过于仓促。近年来皇上求贤若渴，对地方大员保举的人才往往破格提拔，外界误以为这些官员都是非凡之才，便以严苛标准要求他们。于是御史们纷纷弹劾，连当初保举他们的大臣也受到牵连。
若让官员按资历逐步晋升，稍作历练，则被提拔者不会招致同僚嫉妒，言官也不会对封疆大吏产生敌意，这实在有利于朝野同心。况且朝廷的升降赏罚，本就不是外臣应当干预的。如今将督抚要职的任命，谕令臣等反复商议，更觉不妥，因此不等与李鸿章、吴棠商定，便直接陈述己见。
另附奏片报告：捻军有向南移动的迹象，传闻可能回窜雉河老巢，张总愚部已逼近湖北边境。此时陕西巡抚刘蓉因御史陈廷经弹劾，奏疏言辞激烈，受到朝廷严厉惩处。
本月，张总愚部流窜至湖北境内，随后又回窜河南。
福建官军攻克广东镇平县，贼军退守嘉应州城。左宗棠奉旨统领广东、江西各军，率部出境督战，三省官军合围嘉应州。鲍超新招募的湘勇一军赶赴江西、广东协同围剿。
十月初九日，检阅李昭庆所部马队、步队，下令加紧训练，使其成为一支可机动作战的精锐部队。
十一日，紧急上奏：徐州官军击败贼军获胜，但贼军仍流窜山东，潘鼎新在丰县击溃贼军后回驻济宁。另附奏片称：贼军之所以重视山东，是因运河东岸地势平坦、物产丰饶，不像河南那样荒凉贫瘠。臣之所以重视东路，是因山东北接京畿重地，关系天下根本；南连江苏，是湘军、淮军的根基所在。霜降后河水退落、河面结冰，河防更加紧迫，请朝廷下旨令直隶总督加强冬春防务，只可增兵，绝不能削减守备。若贼军回窜开封以西，将调遣主力游击部队赴河南会剿。另附奏片请求恢复吉林协领春寿、营总穆隆阿的原职。又奏请将四川训导唐焕章留营任用。
此时，张总愚率领的匪军从陕县、禹州向东流窜至开封境内，任柱、牛洪、赖文光等部则从曹州向西流窜，与张总愚会合，侵扰襄城、舞阳一带，其势正向湖北境内蔓延。
三十日，紧急上奏：捻军向西流窜，周盛波在宁陵击败贼军获胜，刘铭传在扶沟击败贼军获胜。目前贼军意图侵扰湖北，已下令徐州马步各军分驻周家口，腾出刘铭传一军作为机动部队，不再拘泥于十三府州的限制，随贼军动向跟踪追剿。李昭庆所率万人，待鞍马齐备后，立即调往河南进行灵活追剿。另附奏片：遣返吉林、黑龙江、察哈尔应撤官兵九百人，已启程回旗，参领三栋阿等病故请予抚恤。又奏：邸军办捐委员、前广东按察使龄椿病故请予抚恤。另附片奏：预先筹划鲍超一军进军路线，应以襄阳为基地，由湖北粮台负责供应银米军火。
本月，曾国藩研读《左传》，将书中记载的事件分类整理记录。
十一月初七日，开始审核长江水师永久章程及营制营规等文件，经过二十天的详细审核后完成定稿。
在徐州、铜山、沛县交界处，有一片因微山湖干涸而露出的土地。咸丰四五年间，山东曹州的百姓因黄河泛滥，为避水患南迁至此，后来迁居者越来越多，达到数万人，开垦的田地也逐渐扩大。当地官府按亩征税充作军饷，称这些移民为“湖团”，他们与沛县本地居民多次发生争讼械斗事件。捻军向东流窜时，曾与湖团暗中勾结，沛县百姓到曾国藩大营控告此事。曾国藩下令严查勾结捻军的湖团民众，审讯清楚后依法惩处，并派官员前往山东调查湖团民众的原籍，设法资助他们返回原籍。
二十七日，紧急上奏称：捻匪全部向西逃窜，原本计划进驻周家口，但因李昭庆所率部队的马匹装备尚未配齐，未能立即前进。又因铜山、沛县湖团一案与剿捻事务关系重大，待妥善安置处理完毕后，将立即赶赴河南督战剿匪。同时奏报广东贼势仍然猖獗，数万悍匪攻陷嘉应州，鲍超已从赣州出兵进剿，暂时难以调往河南。另上奏折禀明徽州闹饷一案审讯结果，分别作出判决，并将涉案两军十七营全部遣散回原籍。附片奏请对已故前皖南道张凤翥予以抚恤，以及已故水师营官提省成发翔予以抚恤。
本月，张总愚部流窜至湖北襄阳边境，任柱、牛洪等部由光州、固始窜入安徽颍州边境，随后又侵入湖北境内。
十二月初二日，湖北成大吉所部军队在麻城溃败叛变，捻匪乘机进犯，长江、汉水以北地区贼势猖獗，骚乱蔓延数百里。
十三日，曾国藩巡视张锡嵘在淮北新组建的军营，详细审定长江水师营制相关事宜。
二十五日，曾国藩之子曾纪泽从金陵来到军营探望父亲。
二十八日，曾国藩紧急上奏：两路捻军主力已全部聚集湖北，又遭遇叛军哗变，已下令调派刘铭传率军增援湖北。同时上奏关于长江水师营制事宜的商议结果，共拟定水师章程三十条、营制条例二十四条。另奏折禀明遵旨调查河南巡抚吴昌寿、总兵张曜等人被弹劾的各项问题。又奏报遵旨秘密调查山东巡抚阎敬铭、布政使丁宝桢被参劾的各项事宜。在密奏附片中称：山东、河南地处四战之地，阎敬铭、吴昌寿二人都不擅长军务，但具体情况各有不同，现谨将河南士绅原呈诉状抄录呈请御览。
本月，曾国藩审结沛县湖团各案，将安分守己的唐团、赵团等六个团民继续留在徐州，而将勾结捻军的王团、刁团等勒令限期遣返原籍。同时发布告示晓谕当地居民与外来移民各自安居乐业。
湖北襄阳、樊城一带的捻军张总愚部，已回窜至南阳地区。
这一年，郑敦谨调任户部侍郎，李鹤年被任命为湖北巡抚，张树声授任直隶按察使，但三人都未立即赴任。张树声所统领的树字营淮军，改由其弟总兵张树珊接管。
