在钱塘俞氏、罗氏是浙北土着门阀，掌控钱塘江渡口与周边山地坞堡。桓玄抵达后，要求俞氏交出渡口控制权，罗氏献山地坞堡中的存粮。两族依托山地坞堡抵抗，桓玄派禁军爬山仰攻，破堡后屠尽抵抗族人，将坞堡焚毁，俞氏渡口被禁军接管。刘裕后续抵达，将渡口交由北府兵水师掌控，同时宣布“山地坞堡归朝廷所有”，招募流民开垦周边荒地，切断土着门阀的割据基础
余杭徐氏、鲍氏是侨姓与土着混血门阀，掌控当地铁矿与木材资源。桓玄以“打造攻城器械”为由，强征徐氏铁矿的全部铁料、鲍氏山林的木材。两族联合藏匿部分资源，被桓玄察觉后，徐氏宗主被剥皮示众，鲍氏族人被强征为苦役，山林被纵火焚毁。刘裕后续抵达，释放苦役，将铁矿与山林收归朝廷，任命北府兵将领管理，为后续北伐储备战略物资。
宣城是桓氏本家旁支与周氏的盘踞地，桓氏旁支不满桓玄篡权，周氏则依附桓氏旁支。桓玄抵达后，以“宗族叛逆”为由，围剿桓氏旁支坞堡，周氏试图出兵救援，被桓玄设伏击溃。桓玄将桓氏旁支全族斩杀，周氏宗主被赐毒酒，家产被悉数抄没。刘裕后续抵达，收编周氏残余部曲，宣布“桓氏叛逆已除”，同时将宣城划归北府兵防区，断绝桓玄的宗族外援。
三地是侨姓庾氏、王氏的边缘据点，两族势力较弱，依附建康王氏。桓玄抵达后，以“补充禁军”为由，强征庾氏私兵1000人、王氏粮草5万石。两族不敢反抗，但暗中联络建康王氏求救（此时建康已被刘裕控制）。桓玄察觉后，将两族宗主关押，随驾北上，私兵被编入禁军炮灰营。刘裕后续接管三地，释放庾氏、王氏宗主，将其土地与部曲收编，彻底清除建康周边的门阀据点。
刘裕命人将桓玄首级传示各州郡，宣告篡逆者的下场。同时，他在彭城再次宣布一系列安民新政：减免徐州赋税一年，继续清退门阀超额土地分予军民，提拔徐州本地寒俊入仕……
广陵是江北侨姓陈氏、刘氏的聚集地，掌控淮河渡口。桓玄抵达后，要求陈氏交出渡口控制权，刘氏献渡淮船只。两族见桓玄裹挟皇帝、沿途屠族，恐惧之下献渡，但暗中向刘裕通风报信。桓玄察觉后，将两族宗主斩杀，强行渡淮，禁军在渡淮过程中因混乱损失过半。刘裕抵达广陵后，收编陈氏、刘氏残余部曲，接管淮河渡口，为后续北伐与掌控徐州奠定基础。
站在彭城古老的城墙上，刘裕北望中原。桓玄已诛，江东已平，徐州已定。一条通往更高权力巅峰、也更充满荆棘的道路，已在他脚下展开。他的目光，越过淮泗，投向了那片战乱更久、苦难更深的中原大地。北府兵的旗帜，将在那里迎风飘扬。
- 沿途收集桓玄屠族、抄家、强征的罪证，在各州郡张贴布告，同时让晋安帝（被刘裕掌控后）颁布“罪己诏”，将江南乱象归咎于桓玄“挟帝乱政”，刘裕以“勤王讨逆”之名合法化统治；
- 收编门阀私兵：将沿途被桓玄打散或主动投靠的门阀部曲，全部编入北府兵，打散原有宗族编制，以“军功授田”为诱饵，强化军队忠诚度；
- 接管战略资源：将门阀掌控的盐场、铁矿、漕运、渡口、粮仓等全部收归朝廷（实则由北府兵掌控），设立“江南转运使”，统一调配钱粮、物资，切断门阀复辟的经济基础；
重构地方防务：在京口、吴郡、广陵等重镇设立北府兵大营，任命亲信将领驻守，废除门阀“坞堡自治”，要求所有私人武装限期解散，违者以“桓玄余党”论处。
区别对待门阀：对顾氏、陆氏等核心反抗门阀，斩尽核心族人，仅留无威胁的旁支，且旁支不得担任地方要职；对主动归顺的中小门阀，保留部分财产，但需交出兵权与土地，迁往建康集中居住，便于监控；
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