拿下滁州，朱元璋终于有了一块像样的根基之地。但他深知，这仅仅是开始。城头变幻大王旗，在这乱世之中，若不能将胜利转化为稳固的实力，今日之滁州，未必不是明日之定远。他召集文武核心，以李善长、冯国用等人为首，开始对滁州进行全面的整顿与建设，其举措之系统、目光之长远，远超一般草莽英雄。
滁州城内，人员庞杂，既有朱元璋起家的二十四将核心班底及其直属部队，也有原馿牌寨兵、新收编的各类流民武装、地主护院乃至部分投降的元军士卒。若不加以整合，终究是一盘散沙。
朱元璋与徐达、汤和等将领商议后，力排众议，决定推行彻底的“什伍制”整编。打破原有各部界限，以十人为一什，五什为一伍，设什长、伍长；之上设百户、千户，层层统属，号令清晰。他以绝对的权威，任命徐达、汤和、花云、郭英、吴良等最信得过的老兄弟分领各千户，牢牢掌握军权。那些原其他武装的头领，或给予虚职，或置于可信将领之下为副，彻底消除了军中的山头隐患。
同时，军纪被提升到前所未有的高度。朱元璋再次重申并完善了“不杀降、不扰民”的铁律，并增加了“缴获归公、公平分配”、“不得欺凌妇孺”、“损坏民物照价赔偿”等具体条款。他令郭兴的军纪队权力扩大，可随时巡查各营、乃至市井，凡有触犯，无论官职高低，一律严惩不贷。曾有一起士兵抢劫商贩的事件，涉事者虽为一名作战勇猛的什长，仍被当众斩首，全军肃然。此举不仅整肃了军纪，更让滁州百姓亲眼见证了这支军队与其他烧杀抢掠的部队截然不同，民心迅速归附。
整编与严纪之外，是日复一日的严格军事训练与仙阵操演。朱元璋深知，个体修为是基础，但军阵之力方能以弱胜强。他令徐达、冯国用等精通阵法的将领，依据士兵修为特点（多为真仙初期，将领为天仙至金仙），操练“锐金破甲阵”、“星火燎原阵”等基础战阵，强调气息勾连、仙元共鸣，务求在实战中能发挥出一加一大于二的威力，甚至能借助阵法，让整体战力短暂提升至金仙层次，以应对更强的敌人。
滁州乃人文荟萃之地，朱元璋深知“马上得天下，不能马上治之”的道理。他将在定远礼遇李善长的做法扩大到整个辖区。特意设立“礼贤馆”，广发招贤榜文，声明不同出身，但有一技之长，皆可前来，量才录用。
此举吸引了众多怀才不遇或观望时局的文人谋士。除原有的李善长、冯国用、冯胜外，又有名士朱升、叶兑等前来投奔。朱元璋皆亲自接见，待以上宾之礼，虚心求教。
在与朱升的深谈中，这位老成谋国的儒士，针对朱元璋势力初具规模但强敌环伺的现状，提出了更为精炼且极具战略眼光的九字方针：“高筑墙，广积粮，缓称王。”
朱升缓缓说道：“所谓‘高筑墙’，并非仅仅局限于建造坚固的城墙而已，它还包括了强大的军备和完善的防御工事。然而，更为重要的是内部的团结一致以及坚实稳定的根基。只有这样，才能真正抵御外界的攻击。”
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