《海图作业与战术推演》：学习识别、绘制海图，并在沙盘和海图室进行模拟舰队对抗。
《海洋法与新式旗语、灯号》：了解基本的国际海洋规则（陈默根据现代理念初步制定），掌握统一、高效的通信方式。
《海军史与战略》：其中包含了陈默亲自撰写的章节，初步阐述“制海权”对国家命运的决定性作用。
除此之外，体能、泅渡、绳结、帆缆作业等传统技能训练也并未偏废，但都被赋予了新的标准和意义。
教学方式更是与传统书院截然不同。少了摇头晃耳的背诵，多了实际操作与沙盘推演。课堂上，教官（由龙潜谷出身的学者、经验丰富且愿意接受新思想的老水师、以及少量通过严格审查的西方航海学者担任）鼓励提问与辩论；操场上，严格的军事化管理锤炼着学员的意志与体魄；海图室内，复杂的战术想定让学员们绞尽脑汁。
起初，许多来自旧水师的军官和习惯死记硬背的士子感到极度不适，抱怨“斯文扫地”、“不伦不类”。但很快，新知识、新理念所带来的冲击，以及那种亲手操纵仪器、在沙盘上“击败”虚拟敌舰的成就感，让他们逐渐沉浸其中。
学员中，一个名叫郑沧澜的年轻人，尤其引人注目。他出身闽地海商家庭，自幼随船队航行，对大海有着超乎常人的熟悉与热爱，且头脑灵活，对数学和战术推演极具天赋。在第一次沙盘对抗中，他指挥的“蓝军”便利用假意撤退、诱敌深入的战术，成功“重创”了由教官指挥的、“装备”更占优势的“红军”，引起了学堂高层的高度关注。
陈默在视察学堂时，特意观看了郑沧澜参与的一次复杂气象条件下的舰队机动推演，见他面对突发状况沉着冷静，命令清晰果断，眼中不禁露出赞赏之色。
“海军之未来，在于此辈。”陈默对陪同的王铁柱和学堂总教习说道，“要给他们最严格的训练，也要给他们最广阔的天空。大海，将是检验他们最好的考场。”
帝国海军学堂的成立与首批学员的入列，标志着帝国海军的建设进入了“硬件”（舰船）与“软件”（人才）同步发展的关键阶段。一群承载着帝国深蓝梦想的种子，已在这渤海之滨悄然播下，只待未来的风雨与阳光，让他们成长为支撑起一个海洋时代的参天大树。
